設定を手動で変更しても問題を解決できませんでしたが (チェックボックスを含め、無効になっているものはほとんどありませんでした)、以下の VBA コードでうまくいきました。
Const HKEY_CURRENT_USER = &H80000001
strComputer = "."
Set ScriptMe=GetObject("winmgmts:{impersonationLevel=impersonate}!\\" & _
strComputer & "\root\default:StdRegProv")
'Disable protected mode for local intranet'
strKeyPath = "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Zones\1\"
strValueName = "2500"
dwValue = 0
ScriptMe.SetDWORDValue HKEY_CURRENT_USER,strKeyPath,strValueName,dwValue
'Disable protected mode for trusted pages'
strKeyPath = "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Zones\2\"
strValueName = "2500"
dwValue = 0
ScriptMe.SetDWORDValue HKEY_CURRENT_USER,strKeyPath,strValueName,dwValue
'Disable protected mode for internet'
strKeyPath = "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Zones\3\"
strValueName = "2500"
dwValue = 0
ScriptMe.SetDWORDValue HKEY_CURRENT_USER,strKeyPath,strValueName,dwValue
'Disable protected mode for restricted sites'
strKeyPath = "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Zones\4\"
strValueName = "2500"
dwValue = 0
ScriptMe.SetDWORDValue HKEY_CURRENT_USER,strKeyPath,strValueName,dwValue
msgbox "Protected Mode Settings are updated"
このコードをメモ帳にコピーし、.vbs 拡張子を付けて保存し、ダブルクリックしてください。