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Pこの質問のために使用する例である、空間内の点の平均ペアワイズ距離を見つけることに概念的に似ている問題を効率的に解決したいと考えています。計算は十分に並列化できるので、Go で取り組みたいと思いました。i = 0...P-1シーケンシャル プログラムでは、外側のループと内側のループの 2 つのネストされたループを実行する必要がありますj = i+1...P-1i次に、ポイントとの間の距離を計算し、jそれらをすべて合計し、最後にポイント ペアの数で割ります。したがって、計算では、可能なポイント ペアの組み合わせの「三角形」をカバーする必要があります。

Go での最初の試みは、同じロジックを使用することでしたが、チャネルを介してワーカー関数に計算を分散させました。私のアプローチは次のとおりです。

package main

import "math"
import "sync"
import "fmt"
import "math/rand"
import "github.com/schollz/progressbar"

const nProcs = 32
const nPoints = 30000

type Pair struct {
    p1 [3]float64
    p2 [3]float64
}

func square(f float64) (float64) {
    return f * f
}

func progress(total int64, ch <-chan int) {
    bar := progressbar.Default(total)
    for i := range ch {
        bar.Add(i)
    }
}

func worker(idx int, sumBuffer []float64, in <-chan Pair, out chan<- int, wg *sync.WaitGroup) {
    count := int64(0)
    
    defer wg.Done();
    
    for pair := range in {
        dist := math.Sqrt(square(pair.p1[0]-pair.p2[0]) + square(pair.p1[1]-pair.p2[1]) + square(pair.p1[2]-pair.p2[2]))
        sumBuffer[idx] += dist
        
        count++
        if count % (2<<15) == 0 {
            out <- (2<<15)
        }
    }
}

func main() {
    var sumBuffer [nProcs]float64
    var points    [nPoints][3]float64
    
    var sum float64
    
    for i := 0; i < nPoints; i++ {
        for j := 0; j < 3; j++ {
            points[i][j] = rand.Float64()
        }
    }
    
    wg := &sync.WaitGroup{};
    wg.Add(nProcs);
    
    progressCh := make(chan int, 4 * nProcs)
    pairCh := make(chan Pair, 4 * nProcs)
    nPairs := int64(nPoints - 1) * int64(nPoints) / int64(2)
    go progress(nPairs, progressCh)
    
    for i := 0; i < nProcs; i++ {
        go worker(i, sumBuffer[:], pairCh, progressCh, wg)
    }
    
    for i := int64(0); i < nPoints; i++ {
        for j := int64(i+1); j < nPoints; j++ {
            pairCh <- Pair{points[i], points[j]}
        }
    }
    
    close(pairCh)
    wg.Wait();
    
    for i := 0; i < nProcs; i++ {
        sum += sumBuffer[i]
    }
    sum /= float64(nPairs)
    
    fmt.Println("Average distance:", sum)
}

ただし、このプログラムは、私が期待したほど速くは実行されませんでした。2 回目の試行では、タスクを分散するためのチャネルを取り除き、代わりに手動でワーカー間で計算を分割しました。次に、すべてのワーカーは最初に、「三角形」のどの部分をカバーする必要があるかを計算する必要がありますが、これは非常に面倒です。

package main

import "math"
import "sync"
import "fmt"
import "math/rand"
import "github.com/schollz/progressbar"

const nProcs = 32
const nPoints = 30000

func square(f float64) (float64) {
    return f * f
}

func progress(total int64, ch <-chan int) {
    bar := progressbar.Default(total)
    for i := range ch {
        bar.Add(i)
    }
}

func worker(idx int, points [][3]float64, sumBuffer []float64, start int64, stop int64, out chan<- int, wg *sync.WaitGroup) {
    count := start
    length := int64(len(points))
    
    defer wg.Done();
    
    // Calculate start value for loop index i
    iStart := int64(0)
    pointCount := int64(0)
    for k := length - 1; k >= 0; k-- {
        if pointCount + k > start {
            break
        } else {
            pointCount += k
            iStart++
        }
    }
    firstLoop := true
        
    for i := int64(iStart); i < length && count < stop; i++ {
        // Calculate start value for loop index j
        var jStart int64
        if firstLoop {
            jStart = (i + 1) + (start - pointCount)
        } else {
            jStart = i + 1
        }
        
        for j := int64(jStart); j < length && count < stop; j++ {
            dist := math.Sqrt(square(points[i][0]-points[j][0]) + square(points[i][1]-points[j][1]) + square(points[i][2]-points[j][2]))
            sumBuffer[idx] += dist
            
            count++
            if count % (2<<15) == 0 {
                out <- (2<<15)
            }
        }
        
        firstLoop = false
    }
}

func main() {
    var sumBuffer [nProcs]float64
    var points    [nPoints][3]float64
    
    var sum float64
    
    for i := 0; i < nPoints; i++ {
        for j := 0; j < 3; j++ {
            points[i][j] = rand.Float64()
        }
    }
    
    wg := &sync.WaitGroup{};
    wg.Add(nProcs);
    
    progressCh := make(chan int, 4 * nProcs)
    nPairs := int64(nPoints - 1) * int64(nPoints) / int64(2)
    go progress(nPairs, progressCh)
    
    step := int64(math.Ceil(float64(nPairs) / float64(nProcs)))
    for i := 0; i < nProcs; i++ {
        go worker(i, points[:], sumBuffer[:], int64(i) * step, int64(i+1) * step, progressCh, wg)
    }

    wg.Wait();
    
    for i := 0; i < nProcs; i++ {
        sum += sumBuffer[i]
    }
    sum /= float64(nPairs)
    
    fmt.Println("Average distance:", sum)
}

これで、2 番目のプログラムは約 100 倍高速になりました。ただし、そのバージョンでは Go の利点を利用することさえできず、同じプログラムを C++ で作成することもできました。チャネルを使用することによって導入されるオーバーヘッドがそれほど劇的にならないように、最初のプログラムをどのように改善できますか? それとも、これはチャネルの効率の限界に過ぎず、私のユースケースでは、チャネルは単に進むべき道ではないのでしょうか?

それとは別に、私はGoの初心者です。私のプログラムは、Go のイデオロギー的ではないと確信しています。私のスタイルを改善する方法についてのコメントは大歓迎です。

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作業 (距離の計算) は、ゴルーチン間のスケジューリングと通信のオーバーヘッドに比べて非常に小さいため、チャネル バージョンはおそらく低速です。

2 番目の例で行ったように、ポイント ペアをより大きなチャンクに分割することをお勧めします。

何が起こっているかを確認するための単純なアプローチを次に示します。

var sum float64
var count int64

for i, p := range points {
    for _, p2 := range points[i+1:] {
        sum += p.distanceTo(p2)
        count++
    }
}

fmt.Printf("%d points, %d pairs, avg %f\n", len(points), count, sum/float64(count))

これを試すと、ラップトップが熱くなり、次のように出力されます。

100000 points, 4999950000 pairs, avg 0.660843
duration 22.623835855s

各距離の計算には約 5 ナノ秒かかります。これは非常に高速であり、作業の分割が小さすぎます。

作業を行っているのは 1 つの CPU コアのみです。

シングルCPU

私のラップトップには 8 つのコアがあるので、ポイント ペアの等しいチャンクで作業する 8 つのワーカーの例を作成しようとしました。

8 workers, 100000 points, 4999950000 pairs, avg 0.660843
duration 7.481476421s

8 倍高速ではありませんが、改善されており、アイドル状態のコアが機能します。

ここに画像の説明を入力

例:

package main

import (
    "fmt"
    "math"
    "math/rand"
    "runtime"
    "time"
)

const nPoints = 100000

var points [nPoints]*Point

type Point struct {
    x, y, z float64
}

func (p *Point) distanceTo(p2 *Point) float64 {
    a := p.x - p2.x
    b := p.y - p2.y
    c := p.z - p2.z
    return math.Sqrt(a*a + b*b + c*c)
}

func main() {
    initPoints()

    start := time.Now()
    run()
    fmt.Printf("duration %v\n", time.Since(start))
}

func initPoints() {
    for i := 0; i < nPoints; i++ {
        points[i] = &Point{rand.Float64(), rand.Float64(), rand.Float64()}
    }
}

func run() {
    requests := make(chan Request)
    results := make(chan Result)

    nWorkers := runtime.NumCPU() //change, eg: 1 or 2

    for n := 0; n < nWorkers; n++ {
        go worker(requests, results)
    }

    go func() {
        nPairs := nPoints * (nPoints - 1) / 2
        batchSize := nPairs / nWorkers

        req := Request{iStart: 0, jStart: 1, count: 0}

        for i := 0; i < nPoints; i++ {
            for j := i + 1; j < nPoints; j++ {
                req.count++
                if req.count == batchSize {
                    requests <- req
                    req = Request{iStart: i, jStart: j, count: 0}
                }
            }
        }

        if req.count > 0 {
            requests <- req
        }

        close(requests)
    }()

    var sum, avg float64
    var count int64

    for n := 0; n < nWorkers; n++ {
        r := <-results
        fmt.Printf("worker %d: %v\n", n+1, r)
        sum += r.sum
        count += r.count
    }
    close(results)

    if count > 0 {
        avg = sum / float64(count)
    }

    fmt.Printf("%d workers, %d points, %d pairs, avg %f\n", nWorkers, len(points), count, avg)
}

func worker(requests chan Request, results chan Result) {
    r := Result{}
    for req := range requests {
        req.work(&r)
    }

    results <- r
}

func (req *Request) work(result *Result) {
    count := 0
    jStart := req.jStart

    for i := req.iStart; i < nPoints; i++ {
        p := points[i]

        if i > req.iStart {
            jStart = i + 1
        }

        for j := jStart; j < nPoints; j++ {
            p2 := points[j]

            result.sum += p.distanceTo(p2)
            result.count++

            count++
            if count == req.count {
                return
            }
        }
    }
}

type Request struct {
    iStart int
    jStart int
    count  int
}

type Result struct {
    sum   float64
    count int64
}

func (r Result) String() string {
    avg := 0.0
    if r.count > 0 {
        avg = r.sum / float64(r.count)
    }
    return fmt.Sprintf("%d comparisons, avg distance %f", r.count, avg)
}

pprof プロファイリングのブログ投稿は、プログラムがどこで時間を費やしているかを確認するためのテクニックの優れたデモンストレーションです。

于 2020-06-22T03:39:42.627 に答える