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私を読んでくれてありがとう。私は R に慣れていないので迷っています: fviz_pca で作成されたバイプロットの 2 番目の因子によって定義されたグループ円を追加するにはどうすればよいですか? 私はこのテーブルを持っていて、PCAを適用して、個人が要因「UsoReg」（土地利用）によって分類（色付け）されるバイプロットを取得したい（ここまではすべて良い）が、円（またはいくつかの楕円形）も追加したい列「エスタシオン」（季節）に従って名前が付けられた2番目の要素で個人を囲みます（グループ化します）が、それを行う方法がわかりません。では、FactoMiner で作成された Biplot の 2 番目の因子によって個人を囲む (グループ化する) 円を追加するにはどうすればよいでしょうか? (最初の要素は「UsoReg」であり、色で塗りつぶされていますfill.ind関数、2番目の要素は「Estacion」であり、「Estacion」クラスに従って個人をグループ化/囲むために円をプロットする方法がわかりません）。3 つの異なる土地利用クラス (CoigueIX、MixtaIX、AgricolaIX) で 3 つの異なる季節 (Estacion:Otono、Invierno、Primavera) を視覚化したいと思います。よろしくお願いします。次のコードを使用しています：

PCA_PQ<-function(X){
pca.m<-prcomp(X, scale=TRUE)
contrib_rpca.m<-pca.m$rotation
c_pca.m<-pca.m$center
s_pca.m<-pca.m$scale}
scale(X,center=c_pca.m,scale=s_pca.m)
ev_pca.m<-get_eig(pca.m)
Biplot_pca.m<-fviz_pca_biplot(pca.m,
geom.ind="point",
fill.ind=IX_comp$UsoReg,
col.ind="cos2",
pointshape=21,pointsize=2,
mean.point=FALSE,
alpha.var="contrib",col.var="contrib",
gradient.cols=c("#00AFBB","#E7B800","#FC4E07"),
labelsize=5,
repel=TRUE,
xlab="PC 1",
ylab="PC 2")+
labs(fill="Uso", color="Contrib",alpha="Contrib")+
ggpubr::fill_palette(c("green","yellow","red"))+
theme(text=element_text(size=9),
axis.title=element_text(size=15),
axis.text=element_text(size=12))
plot(Biplot_pca.m)}

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PCA_PQ(IX_comp[,c(4,6:14)]

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バイプロット1

ありがとう！

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After looking and experimenting with different options i found that adding

ggplot2::stat_ellipse(aes(group=IX_comp$Estacion))

to the script above, i get what i was looking for biplot,

but now i need to change some parameters of the ovals printed in the plot, and add their labels to the legend.

I want to make ovals borders thinner, set different colors for them according to their factor classification (in IX_comp$Estacion) and add their names and colors to the legend.

Thanks for your help and attention!

于 2020-06-29T17:22:03.447 に答える