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Mac 10.6.7、およびgcc4.2がインストールされたxcode4を使用しているim。しかし、コマンドにpython setup.py installを指定してbiopythonをインストールすると、gccでエラーが発生します。

10-54-41-155-wireless1x:biopython-1.57 xueran2010$ python setup.py install
running install
running build
running build_py
running build_ext
building 'Bio.cpairwise2' extension
gcc-4.2 -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -fwrapv -Os -Wall -Wstrict-prototypes -DENABLE_DTRACE -arch i386 -arch ppc -arch x86_64 -pipe -IBio -I/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/include/python2.6 -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.macosx-10.6-universal-2.6/Bio/cpairwise2module.o
/usr/libexec/gcc/powerpc-apple-darwin10/4.2.1/as: assembler         (/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/ppc/as or /usr/bin/../local/libexec/gcc/darwin/ppc/as) for architecture ppc not installed
Installed assemblers are:
/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/x86_64/as for architecture x86_64
/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/i386/as for architecture i386
Bio/cpairwise2module.c:639: fatal error: error writing to -: Broken pipe
compilation terminated.
lipo: can't open input file: /var/folders/ir/ir6RCJTKGB4QU5sVdTXwt++++TI/-Tmp-//cccUvTiF.out (No such file or directory)
error: command 'gcc-4.2' failed with exit status 1
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3 に答える 3

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私はあなたの問題の根本はこの行であることを提案します：

/usr/libexec/gcc/powerpc-apple-darwin10/4.2.1/as: assembler (/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/ppc/as or /usr/bin/../local/libexec/gcc/darwin/ppc/as) for architecture ppc not installed

XCode 4は、PPCアーキテクチャを使用してコンパイルを試みるのが好きではないため、次のことを試みるのをやめる必要があります。

env ARCHFLAGS="-arch i386 -arch x86_64" python setup.py install

（免責事項：BioPythonは10.6.7マシンで問題なくビルドされるため、これをテストすることはできません...）

http://biostar.stackexchange.comからの将来のBioPythonの質問で、より多くの喜びを得るかもしれません。

于 2011-06-08T09:00:16.913 に答える
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Apple の新しいバージョンの X Code に問題があるようで、NumPy などの他の Python ライブラリにも影響します。

X Code 4 をアンインストールし、Xcode 3 をインストールしてから、必要に応じて XCode 4 を再インストールするという簡単な解決策が提案されているこのスレッドを参照してください。

http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython/2011-June/007320.html

于 2011-06-16T11:36:40.073 に答える