Windows では、アプリケーション インストーラーをIzpackからJPackageに変換しました。JPackage によって作成された構造のため、アプリケーションがさまざまな構成ファイルを見つけられるようにコードを変更する必要がありました。基本的に、それらはappフォルダーからC:\Usersにコピーされます。 \Username\Appdata....初回起動時 (ただし、それよりも少し複雑です)。
現在、Linux で JPackage を使用しており、アプリケーションは設定ファイルを app から $HOME/.appname にコピーします。ただし、WindowsアプリではLinuxのランチャーに関連するサブフォルダーであるのに対し、現在は../lib/appにあるため、コードは機能しません
したがって、Linux固有の変更をいくつか行う必要がありますが、これらの変更を行う必要があるために、ここで何か非常に間違ったことをしているのだろうかと思いました。