unison プロファイルに次の指示があります。
ignore = Path node_modules
ignorenot = Path node_modules/scaffold
簡単ですよね？それが機能しないことを除いて。フォルダを無視し続けnode_modules/scaffoldます。
私も正規表現で試しました：
ignorenot = Regex /node_modules/scaffold/.*
それで、ここで何が起こっているのですか？私はunison 2.48.4を実行しています