web.xml に次のものがあります。
<session-config>
<cookie-config>
<http-only>true</http-only>
<secure>true</secure>
</cookie-config>
<session-timeout>15</session-timeout>
<tracking-mode>COOKIE</tracking-mode>
</session-config>
ただし、OWASP の Zed Attack Proxy (https://www.owasp.org/index.php/OWASP_Zed_Attack_Proxy_Project) によると、Cookie はまだ httpOnly または secure フラグなしで Spring Security によって設定されています。
同じアプリを Tomcat 7 にデプロイすると、web.xml からのこれらの設定が適用されるように見えます。