私はEGit(同梱)でEclipse Indigo RC4を使用しています。ローカル リポジトリにコミットしたプロジェクトがあり、そこから GitHub にあるリモート リポジトリにプッシュしたいと考えています。
コマンド ライン ツールからのプッシュ/プルは正常に機能します (RSA キー ベースの SSH 認証を構成しました)。
しかし、EGit から (GitHub を指す SSH 経由で) プッシュしようとすると、パスフレーズを入力するように求められます。しかし、正しいパス フレーズを入力すると、再度同じプロンプトが表示されます (注: ユーザー名は git として表示されます。これは、GitHub を使用するときのデフォルトであるためです。問題にはならないと思います)。
Eclipse の設定で、生成した RSA トークンを使用するように構成されていることを再確認しました。