私は KDE を使用していますが、いくつかの GTK アプリケーションも使用しています。これらの GTK アプリが外部プログラムを呼び出すと、私が設定したものではなく、Gnome 用に設定された優先アプリケーションが使用されます。
その一例がGimpです。[ヘルプ] メニューから [GIMP オンライン] を選択すると、デフォルトのWeb ブラウザーで情報が開きます。KDE では、デフォルトの Web ブラウザーは Mozilla Firefox ですが、GTK アプリケーションでは Opera が開きます。
パッケージをインストールするgnome-control-centerとおそらく問題は解決しますが、不要な依存関係が多数発生します。