Java で Web サービスを作成し、.net でアクセスする
Web サービス ルートをお勧めします。これは、将来的に他のクライアント プラットフォームで使用できる標準インターフェイスを提供します。
.NET クライアントは、Java Web サービスと非常にうまく対話しますが、いくつかの落とし穴があります。.NET クライアントに利用できる最適な 2 つのテクノロジは、Microsoft Web Service Enhancements (WSE) と Windows Communication Foundation (WCF) です。WSE は、Microsoft によって更新されなくなった古いテクノロジですが、Visual Studio 2005 以前でも問題なく機能します。基本サービスとのインターフェース方法に関しては、WSE の方が使い始めるのが少し簡単だと思いますが、WCF は WS-* プロトコル (セキュリティ、信頼など) をより多くサポートしています。ニーズが基本的なもので、まだ Visual Studio 2005 (.NET Framework 2 以前) を使用している場合は、WSE を使用してください。最先端が好きな場合、またはより高度なセキュリティのニーズが予想される場合 (そうではないように思えます) は、WCF を使用してください。
Web サービス ルートに進むということは、再利用できるインターフェイスを設計することを意味し、他のほとんどのルートよりも疎結合のシステムになります。マイナス面は、主にパフォーマンスです。xml シリアライゼーションは、ネットワーク上のバイナリよりも遅くなり、Web サービスは大量のデータを適切に処理できません。
標準タイプの Web サービス (SOAP や XML-RPC など) を使用するのが最適です。これは、生成/消費が容易なだけでなく、他の言語でも容易であるためです。