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私は比較的新しいRユーザーで、まだ基本を学んでいます。

xxこれらのエントリは次のようになります。

> xx[100:105]
$`15LOX-1`
[1] "207328_at"

$`16.1`
[1] "215946_x_at"

$`16.2`
[1] NA

$`16.3A5`
[1] "200983_x_at" "200984_s_at" "200985_s_at" "212463_at"   "228748_at"  

$`160-KD`
[1] "201224_s_at" "201225_s_at"

$`1600019D15Rik`
[1] "218465_at"   "222642_s_at" "225492_at"   "235907_at"   "238831_at"

キーと値の 2 つの列を含むテキスト ファイルに保存したいと思います。複数の文字列が同じキーに対応する場合、それらは異なる行にある必要があります。二重引用符は必要ありません。

さらに、NA 値が保存されないようにするにはどうすればよいですか?

助けてください。

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4 に答える 4

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テスト データを再作成します。

xx <- structure(list(
    `15LOX-1` = "207328_at", 
    `16.1` = "215946_x_at", 
    `16.2` = NA, 
    `16.3A5` = c("200983_x_at", "200984_s_at", "200985_s_at", "212463_at", "228748_at"), 
    `160-KD` = c("201224_s_at", "201225_s_at" ), 
    `1600019D15Rik` = c("218465_at", "222642_s_at", "225492_at", "235907_at", "238831_at")),
   .Names = c("15LOX-1", "16.1", "16.2", "16.3A5", "160-KD", "1600019D15Rik"))

まず、すべての NA 値を削除します。

xx[is.na(xx)] <- NULL

ここで、x の各要素の長さを格納する一時変数を作成します。

tmp <- sapply(xx, function(xt)length(xt))

を使用repしてキーを作成し (つまり、関連付けられた要素の長さごとに x の名前を繰り返します)、 と の組み合わせを使用しunlistてunname値を作成します。

data.frame(
    key = rep(names(tmp), times=unname(tmp)),
    value = unlist(unname(xx))
)

これにより、次が生成されます。

             key       value
1        15LOX-1   207328_at
2           16.1 215946_x_at
3         16.3A5 200983_x_at
4         16.3A5 200984_s_at
5         16.3A5 200985_s_at
6         16.3A5   212463_at
7         16.3A5   228748_at
8         160-KD 201224_s_at
9         160-KD 201225_s_at
10 1600019D15Rik   218465_at
11 1600019D15Rik 222642_s_at
12 1600019D15Rik   225492_at
13 1600019D15Rik   235907_at
14 1600019D15Rik   238831_at

最後に、write.csv(x, file=...)またはお気に入りの書き込み関数を使用して、データをファイルに保存します。

于 2011-06-28T21:12:22.307 に答える
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reshape2パッケージは、melt 関数を使用してこれを行うことができます。Andrie からのデータの使用:

require(reshape2)
 > melt(x)
  value L1
1    a1  A
2    b1  B
3  <NA>  C
4    d1  D
5    d2  D
6    d3  D
7    d4  D
8    d5  D

いくつかのことは、ここであなたが望むものとはまったく異なります. まず、列が逆順になっているため、問題になる場合とそうでない場合があります。第 2 に、列に関連付けられた名前が希望どおりではありませんが、これも問題にならない可能性があります。第三に、NA値はまだ存在しています。これはあなたの質問に基づく問題です. 私はcomplete.cases()その問題に対処し、適切な名前を付けるために使用します。多分このようなもの：

out <- melt(x)[, 2:1] #Reverse the key - value columns
out <- out[complete.cases(out) ,] #Subset only complete cases
names(out) <- c("Key", "Value")  #New column names

> out
  Key Value
1   A    a1
2   B    b1
4   D    d1
.....
于 2011-06-28T21:42:58.453 に答える
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Andrieのテストデータを使用して、reshapeパッケージ（または `reshape2'）を使用してこれを行うための一種の巧妙な方法を次に示します。

x <- list(
    A = "a1",
    B = "b1",
    C = NA,
    D = paste("d", 1:5, sep=""))

次に、meltlistメソッドがあります！

> melt(x)
  value L1
1    a1  A
2    b1  B
3  <NA>  C
4    d1  D
5    d2  D
6    d3  D
7    d4  D
8    d5  D

次に、または同等のものNAを使用してsを引き出すことができます。complete.cases

rs <- melt(x)
rs <- rs[complete.cases(x),]
colnames(rs) <- c('value','key')
于 2011-06-28T21:40:31.737 に答える
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私はこのようなことをします。

#Create a matrix
z <- cbind(key=rep(names(xx), sapply(xx, length)), value = unlist(xx))
#Remove NA
z <- z[!is.na(z[,2]),]
#Write to textfile
write.table(z, "filename.txt", row.names= F)

write.table のヘルプを参照して、他の使用可能なオプションを確認できます。

Andrieが尋ねた結果は次のとおりです

>z
                key             value        
15LOX-1        "15LOX-1"       "207328_at"  
16.1           "16.1"          "215946_x_at"
16.3A51        "16.3A5"        "200983_x_at"
16.3A52        "16.3A5"        "200984_s_at"
16.3A53        "16.3A5"        "200985_s_at"
16.3A54        "16.3A5"        "212463_at"  
16.3A55        "16.3A5"        "228748_at"  
160-KD1        "160-KD"        "201224_s_at"
160-KD2        "160-KD"        "201225_s_at"
1600019D15Rik1 "1600019D15Rik" "218465_at"  
1600019D15Rik2 "1600019D15Rik" "222642_s_at"
1600019D15Rik3 "1600019D15Rik" "225492_at"  
1600019D15Rik4 "1600019D15Rik" "235907_at"  
1600019D15Rik5 "1600019D15Rik" "238831_at"

HTH

于 2011-06-28T21:07:18.990 に答える