ファイル内でオーバーラップしているリージョンを見つけて、以前の開始と後の停止を維持しながらマージしたい (2 つのリージョンを 1 つにマージ)
Genomic Ranges を使用するつもりでしたが、スクリプトのコーディング方法がわかりません。
これは、ファイルfileA.txtに含まれるものです。
chr start end value
chr1 58708485 58708713 1
chr1 58709084 58710538 2
chr1 98766295 98766639 3
chr1 98766902 98770338 4
脚本：
library(GenomicRanges)
query = with(fileA.txt, GRanges(chr, IRanges(start=start, end=end)))
subject = with(fileA.txt, GRanges(chr, IRanges(start=start, end=end)))
hits = findOverlaps(gr1)
ranges(query)[queryHits(hits)] = ranges(subject)[subjectHits(hits)]
単一のファイルにクエリと件名を設定する方法がわかりません。また、ドキュメントであるオブジェクトには、スクリプトで認識されるために、あらゆる種類の "" または特定の形式 (bedGraph、txt は問題ありませんか?) が必要ですか?
よろしくお願いします。
K.