library("ape")
data(gopher.D)
data(lice.D)
data(HP.links)
res <- parafit(gopher.D,lice.D, HP.links,nperm=99, test.links=TRUE)
gopher.D ファイルの colnames は V1-V15 であり、lice.D ファイルの colnames は V1-V17 ですが、gophers と シラミの関連付けを示す HP.links には、gophers または シラミの特定の名前が含まれています。V1-V15 はホリネズミの名前の順序を表し、V1-V17 はファイル HP.links のシラミの名前の順序を表しているのだろうか? それとも、ホリネズミ/シラミの名前のランダムな順序ですか?