python - タンパク質構造の可視化

Question

私は、ユーザーが pdb ファイルを開いてタンパク質構造を取得する RasMol のような、タンパク質構造の視覚化に関する作業を依頼されました。

pdb ファイルからタンパク質構造を生成するにはどうすればよいですか?

Python でコーディングし、構造を視覚化するには、OpenGL または VTK を使用する必要がありますか? この点で私を助けるかもしれない他のモジュールはありますか?

Answer 1

Python インターフェイスを持つpymolを試してみてください。

ここには、pymol をスクリプト化してビューと対話する方法の初心者向けチュートリアルがあります。

学生は、pymols サイトから無料で pymol を入手できます。さらに、Gohlkeは 32 ビットと 64 ビットの Windows および Python 2.6-2.7 用のインストーラーを提供します。

Answer 2

Schrödinger から購入する必要があるため、Pymol はもう無料ではないと思います。いくつかの無料プログラム: - JMol (悪い!!他に選択肢がない場合以外は使用しないでください) - PyMol (アカデミックな場合) - Yasara - Discovery studio (Accelrys) - RasMol (もはやメンテナンスされていません) - VMD (軌道を視覚化するための最良のプログラム)。非常に強力ですが、私はそれを使用したことはありません。

それらすべてでスクリプトを実行できるかどうかはわかりません。

私は PyMol で多くの作業を行っており、いくつかのプラグインを作成しました。唯一の制限は、ビューアーとして使用できることですが、それ以外は使用できません。たとえば、原子をクリックして情報を取得することはできません。

幸運を

Answer 3

Chimera http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/は別のビューアです。そのライセンスは pymol のものより柔軟だと思います。

あなたは自分で書いていますか？これらの回答のほとんどは、実装されたビューアーを指していると思います。幸運を祈りますが、大変な作業が必要になると思います。