次のようにして遺伝子を抽出している 2 つの Genbank ファイルがあります。
genes_1 = []
for feature in sequence.features:
if feature.type=='gene':
genes_1.append(feature)
これは問題なく機能しています。必要な遺伝子の配列、GC コンテンツ、および翻訳を取得できました。
2 番目の Genbank ファイルは、非常によく似た菌株です。私の考えは、新しく抽出されたシーケンスを使用することです:
dnaA = hits[0]
extracted_sequence_1 = dnaA.extract(sequence_tuberculosis)
2 番目の Genbank ファイルを検索するには:
for extracted_sequence_1 in genes_2:
for gene in genes_2.extract(sequence_2):
if extracted_sequence_1 in genes_2.extract(sequences_2):
print('Match')
ただし、明らかなように、エラーが発生しています。
AttributeError: 'list' object has no attribute 'extract'
bioPython の説明でこの情報を見つけようとしていますが、必要なものに似たものはありません。アライメントを実行せずにこれを行う方法はありますか?