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heatmap.2 のデフォルトは、距離行列を計算するための dist と、クラスタリングのための hclust です。ユークリッド法を使用するように dist を設定し、重心法を使用するように hclust を設定する方法はありますか? 以下にコンパイル可能なコードサンプルを提供しました。distfun = dist(method = "euclidean") を試しましたが、うまくいきません。何か案は？

library("gplots")
library("RColorBrewer")

test <- matrix(c(79,38.6,30.2,10.8,22,
81,37.7,28.4,9.7,19.9,
82,36.2,26.8,9.8,20.9,
74,29.9,17.2,6.1,13.9,
81,37.4,20.5,6.7,14.6),ncol=5,byrow=TRUE)
colnames(test) <- c("18:0","18:1","18:2","18:3","20:0")
rownames(test) <- c("Sample 1","Sample 2","Sample 3", "Sample 4","Sample 5")
test <- as.table(test)
mat=data.matrix(test)

heatmap.2(mat,
dendrogram="row",
Rowv=TRUE,
Colv=NULL,
distfun = dist,
hclustfun = hclust,
xlab = "Lipid Species",
ylab = NULL,
colsep=c(1),
sepcolor="black",
key=TRUE,
keysize=1,
trace="none",
density.info=c("none"),
margins=c(8, 12),
col=bluered
)
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コードを一瞥すると、デフォルトはを使用することであり、デフォルトはユークリッド距離を使用することでheatmap.2あると確信しています。dist

パスの試みが機能distfun = dist(method = 'euclidean')しなかった理由は、distfun（およびhclustfun）が単に関数の名前であると想定されているためです。したがって、デフォルトを変更して引数を渡したい場合は、次のようなラッパー関数を作成する必要があります。

heatmap.2(...,hclustfun = function(x) hclust(x,method = 'centroid'),...)

前述したように、heatmap.2デフォルトでユークリッド距離を使用していることはかなり確かですが、同様のソリューションを使用して、使用する距離関数を変更できます。

heatmap.2(...,distfun = function(x) dist(x,method = 'euclidean'),...)
于 2011-07-24T14:21:57.347 に答える