こんにちは、R でソースからパッケージをインストールする際に問題があります。新しい作業マシンを手に入れたばかりです。R のバージョン 3.5.3 を使用していますが、これは明らかに最新ではありませんが、既存のレポートで動作します場所。当面はバイナリ パッケージをインストールできますが、必要な機能にアクセスするには、ソースから特定のパッケージをインストールする必要があります。
ラップトップを入手したとき、このバージョンの R と互換性のある Rtools のバージョンである rtools35 をインストールしました。しかし、ラップトップを出荷する前に rtools40 がインストールされているのを見たところ、このマシンには 2 つのバージョンの Rtools があると思いますか? 掘り下げた後、これがいくつかの問題を引き起こす可能性があることがわかりましたが、私が見た解決策のどれも私のために何も解決していません.
以下は、Rtoolsがrtools35（私が使用する必要があるもの）を参照していることを知っている限り、RToolsの異なるバージョンがインストールされた2つのフォルダーです。また、rtools の名前を変更したり、デフォルトの場所を移動したりすると、問題が発生する可能性があることも読みました (どちらも実行していないと思います)。
C:/Rツール
C:/rtools40
以下は、R 3.5.3 に必要な rtools のバージョンへのパスを明示的に指定するために、ホーム .Rprofile に入れようとしたコードですが、問題が解決せず、ソースからパッケージをインストールすることもできません。
Sys.setenv(PATH=paste("C:/Rtools/bin",Sys.getenv("PATH"),sep=";"))
Sys.setenv(BINPREF="C:/Rtools/mingw_$(WIN)/bin/")
また、必要なファイルが Rtools\bin にあり、Rtools が PATH にあることを再確認しました。
Sys.which(c('make', 'gcc'))
"C:\\Rtools\\bin\\make.exe" "C:\\Rtools\\bin\\gcc.exe"
Sys.getenv('PATH')
"C:/Rtools/bin;C:\\Program Files\\R\\R-3.5.3\\bin\\x64;C:\\Rtools\\bin;C:\\windows\\system32;C:\\windows;C:\\windows\\System32\\Wbem;C:\\windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\;C:\\windows\\System32\\OpenSSH\\;C:\\ProgramData\\chocolatey\\bin;C:\\Program Files\\Git\\cmd;C:\\Program Files (x86)\\Gpg4win\\..\\GnuPG\\bin;C:\\Program Files\\RStudio\\bin\\rpostback;C:\\Program Files\\RStudio\\bin\\postback"
R が Rtool を見つけられることを再確認する
devtools::find_rtools(T)
Scanning R CMD config CC...
cc_path: C:/Rtools/mingw_64/bin/gcc
install_path: C:/Rtools
Found compatible gcc from R CMD config CC
[1] TRUE
私のセッション情報はこちら
session_info()
setting value
version R version 3.5.3 (2019-03-11)
os Windows 10 x64
system x86_64, mingw32
ui RStudio
language (EN)
collate English_United States.1252
ctype English_United States.1252
tz America/Los_Angeles
date 2021-06-22
- Packages -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
package * version date lib source
askpass 1.1 2019-01-13 [1] CRAN (R 3.5.3)
assertthat 0.2.1 2019-03-21 [1] CRAN (R 3.5.3)
base64enc 0.1-3 2015-07-28 [1] CRAN (R 3.5.2)
cachem 1.0.5 2021-05-15 [1] CRAN (R 3.5.3)
callr 3.7.0 2021-04-20 [1] CRAN (R 3.5.3)
cellranger 1.1.0 2016-07-27 [1] CRAN (R 3.5.3)
cli 2.5.0 2021-04-26 [1] CRAN (R 3.5.3)
crayon 1.4.1 2021-02-08 [1] CRAN (R 3.5.3)
curl 4.3.1 2021-04-30 [1] CRAN (R 3.5.3)
DBI 1.1.1 2021-01-15 [1] CRAN (R 3.5.3)
desc 1.3.0 2021-03-05 [1] CRAN (R 3.5.3)
devtools * 2.4.2 2021-06-07 [1] CRAN (R 3.5.3)
dplyr 1.0.6 2021-05-05 [1] CRAN (R 3.5.3)
ellipsis 0.3.2 2021-04-29 [1] CRAN (R 3.5.3)
fansi 0.5.0 2021-05-25 [1] CRAN (R 3.5.3)
fastmap 1.1.0 2021-01-25 [1] CRAN (R 3.5.3)
fs 1.5.0 2020-07-31 [1] CRAN (R 3.5.3)
gargle 1.1.0 2021-04-02 [1] CRAN (R 3.5.3)
generics 0.1.0 2020-10-31 [1] CRAN (R 3.5.3)
glue 1.4.2 2020-08-27 [1] CRAN (R 3.5.3)
gmailr 1.0.0 2019-08-23 [1] CRAN (R 3.5.3)
googledrive 1.0.1 2020-05-05 [1] CRAN (R 3.5.3)
googlesheets4 0.3.0 2021-03-04 [1] CRAN (R 3.5.3)
httr 1.4.2 2020-07-20 [1] CRAN (R 3.5.3)
jsonlite 1.7.2 2020-12-09 [1] CRAN (R 3.5.3)
lifecycle 1.0.0 2021-02-15 [1] CRAN (R 3.5.3)
magrittr 2.0.1 2020-11-17 [1] CRAN (R 3.5.3)
memoise 2.0.0 2021-01-26 [1] CRAN (R 3.5.3)
openssl 1.4.4 2021-04-30 [1] CRAN (R 3.5.3)
pillar 1.6.1 2021-05-16 [1] CRAN (R 3.5.3)
pkgbuild 1.2.0 2020-12-15 [1] CRAN (R 3.5.3)
pkgconfig 2.0.3 2019-09-22 [1] CRAN (R 3.5.3)
pkgload 1.2.1 2021-04-06 [1] CRAN (R 3.5.3)
prettyunits 1.1.1 2020-01-24 [1] CRAN (R 3.5.3)
processx 3.5.2 2021-04-30 [1] CRAN (R 3.5.3)
ps 1.6.0 2021-02-28 [1] CRAN (R 3.5.3)
purrr 0.3.4 2020-04-17 [1] CRAN (R 3.5.3)
R6 2.5.0 2020-10-28 [1] CRAN (R 3.5.3)
remotes 2.4.0 2021-06-02 [1] CRAN (R 3.5.3)
rlang 0.4.11 2021-04-30 [1] CRAN (R 3.5.3)
rprojroot 2.0.2 2020-11-15 [1] CRAN (R 3.5.3)
rstudioapi 0.13 2020-11-12 [1] CRAN (R 3.5.3)
sessioninfo 1.1.1 2018-11-05 [1] CRAN (R 3.5.3)
testthat 3.0.2 2021-02-14 [1] CRAN (R 3.5.3)
tibble 3.1.2 2021-05-16 [1] CRAN (R 3.5.3)
tidyselect 1.1.1 2021-04-30 [1] CRAN (R 3.5.3)
usethis * 2.0.1 2021-02-10 [1] CRAN (R 3.5.3)
utf8 1.2.1 2021-03-12 [1] CRAN (R 3.5.3)
vctrs 0.3.8 2021-04-29 [1] CRAN (R 3.5.3)
withr 2.4.2 2021-04-18 [1] CRAN (R 3.5.3)
[1] C:/Users/Jacob Yablonski/Documents/R/win-library/3.5
[2] C:/Program Files/R/R-3.5.3/library
ソースからパッケージをインストールしようとすると、次のようになります。
install.packages('kableExtra', dependencies = TRUE, type = 'source')
* installing *source* package 'kableExtra' ...
** package 'kableExtra' successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
converting help for package 'kableExtra'
finding HTML links ... done
add_footnote html
add_header_above html
add_indent html
as_image html
auto_index html
cell_spec html
collapse_rows html
column_spec html
footnote html
footnote_marker_number html
graphics_helpers html
group_rows html
header_separate html
html_dependency_bsTable html
html_dependency_kePrint html
html_dependency_lightable html
kableExtra-package html
kableExtra_latex_packages html
kable_as_image html
kable_as_xml html
kable_classic html
kable_styling html
kbl html
Rd warning: C:/Users/Jacob Yablonski/AppData/Local/Temp/Rtmpcl12FV/R.INSTALL18206c232499/kableExtra/man/kbl.Rd:70: file link 'opts_current' in package 'knitr' does not exist and so has been treated as a topic
landscape html
linebreak html
listify_args html
magic_mirror html
make_inline_plot html
reexports html
remove_column html
rmd_format html
row_spec html
save_kable html
scroll_box html
spec_angle html
spec_boxplot html
spec_color html
spec_font_size html
spec_hist html
spec_image html
spec_plot html
spec_pointrange html
spec_popover html
spec_tooltip html
usepackage_latex html
xml_as_kable html
xtable2kable html
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
> Adding '^\\.secret$' to './.Rbuildignore'
Error: Can't get Google credentials.
Are you running gmailr in a non-interactive session? Consider:
* Call `gm_auth()` directly with all necessary specifics.
Execution halted
*** arch - x64
Error: Can't get Google credentials.
Are you running gmailr in a non-interactive session? Consider:
* Call `gm_auth()` directly with all necessary specifics.
Execution halted
ERROR: loading failed for 'i386', 'x64'
* removing 'C:/Users/Jacob/Documents/R/win-library/3.5/kableExtra'
In R CMD INSTALL
Warning in install.packages :
installation of package ‘kableExtra’ had non-zero exit status
.Rprofile にいくつかの Google oauth があります。これが、Google の警告が表示されると思う唯一の理由ですが、そこにあるのはまだ奇妙です。rtools に問題があるのか、それともこれらの Google 警告がこれらのパッケージのインストールを完全に停止させるようなものなのかはわかりません。
以下は、バイナリからのパッケージのインストールの様子です。醜い警告やエラーはスローされません。
package ‘kableExtra’ successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in
C:\Users\Jacob Yablonski\AppData\Local\Temp\Rtmp6FZzqg\downloaded_packages
他に何が欠けているのかわかりません。rtools40 を削除する必要がありますか? コンマやバックスラッシュがどこかにありませんか? インストールする必要がある Windows コンパイラ ファイルはありますか? 私には .exe ファイルを実行する権限がありませんが、最悪の場合、IT に連絡して R & rtools35 の新規インストールを再度取得し、そこから先に進むことができると思います。しかし、ソースからパッケージをインストールできるように、これを機能させる方法について誰かが考えている場合は、大いに感謝します!