limma パッケージを使用して DGE を実行しようとしています。いくつかのコントラストを抽出したい大きなデータセットがあります。完全な対比表を次に示します。
| レベル | M1 | M2 | M3 |
|---|---|---|---|
| 条件3 | 0 | -1 | 1 |
| 条件4 | 0 | 1 | -1 |
| 条件1 | -1 | 0 | -1 |
| 条件2 | 1 | 0 | 1 |
最終的には。抽出したいコントラストは 3 つあります (M1 M2 と M3)。コントラスト M1 を個別に抽出しようとしました (基本的に、Cond1 と Cond2 のサンプルのみを含むようにメタデータと式データを選択しました)。コントラストを以下に示します。
| レベル | M1 |
|---|---|
| 条件1 | -1 |
| 条件2 | 1 |
前の方法のようにコントラストを抽出すると、同じコントラストを抽出してもすべてのデータを使用すると、わずかに異なる結果が得られることに気付きました。何故ですか？コントラスト M1 を計算する最も正しい方法は?
これは、コントラストを抽出する前に常に行うことを前提としています
fit <- lmFit(exprs_data, design)
fit.ms <- contrasts.fit(fit, cont.matrix.ms)
fit.ms <- eBayes(fit.ms)