あなたの質問に具体的に答えるために、いいえ、WCF を使用して Web サービス参照を作成することを妨げるものは WPF にはありません。
ただし、プロキシとサービス クラスを生成するために「サービス参照の追加」を使用すると、(一般的に) 問題が発生します。
まず、WCF テスト クライアントを使用して、Web サービスが正しく動作し、汎用プロキシを生成できることをテストします。
WCF テスト クライアントが機能したら、既存のサービス参照を消去します。すべてが削除されていることを確認してください。次に、サービス参照を再度追加します。
複雑な Web サービスを使用している場合、またはインターフェイスに複雑な構造が含まれている場合は、svcutil.exe を使用してプロキシを生成することを検討してください。
これは、あなたが提供した情報で私ができる最善の答えです。あなたの問題は WCF プロキシの生成にあると思いますが、WPF ではありません。WPF について学ぶときは、サービスをできるだけシンプルに保ち、WPF を壊す可能性のあるもの (データセットやクラス構造を渡すなど) を追加する前に、通信が機能することを確認することをお勧めします。
PS 実行可能な app.config には、通信するための system.serviceModel セクションが必要ですが、そのセクションがなくても、参照とプロキシの生成には影響しません。