可能な文字列のリストを含むファイルで for ループを使用して、文字列を含むファイルからすべての行を抽出しようとしています。また、grep の結果を、ファイル名に変数を含む新しいファイルにエクスポートしたいと考えています。
ここに私が持っているものがあります:
file="variables.txt"
listofvariables=$(cat ${file})
for variable in ${listofvariables}
do
samtools view sample.bam | \
grep "'${variable}'" \
> sample.${variable}.bam
done
このコードが行うことは、変数ごとに空のファイルを作成するだけです。その変数を含む行を抽出してそれらのファイルに配置しないのはなぜですか?
参考までに、variables.txtファイルは次のようになります。
mmu-let-7g-5p
mmu-let-7g-3p
mmu-let-7i-5p
mmu-let-7i-3p
mmu-miR-1a-1-5p
mmu-miR-1a-3p
mmu-miR-15b-5p
mmu-miR-15b-3p
mmu-miR-23b-5p
mmu-miR-23b-3p
samtools view出力は次のようになります。
7238520-1_CATAAT.mmu-miR-125b-5p 0 chr1 11301523 60 75M * 0 0CAGGTGTTTTCTCAGGCATTTGGATTTCTATAGAATCATAGTATTAAAATTTCAAAGTAATAACATTGCTTTTTA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:75 YT:Z:UU NH:i:1
1422982-2_CCCCGC.mmu-miR-132-3p 0 chr1 11301726 60 97M * 0 0 AAGTCTGTTTTTATGTGAGTGTTCCTGTGAAACTGAGGTCTGATGACTCTTCCTTAAGCAATTACAACTTCATTAGCATACATAAGGTTCAATTAAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:97 YT:Z:UU NH:i:1
5675450-1_CCCCGC.mmu-miR-132-3p 0 chr1 11301726 60 97M * 0 0 AAGTCTGTTTTTATGTGAGTGTTCGTGTGAAACTGAGGTCTGATGACTCTTCCTTAAGCAATTACAACTTC^C
なじみのない人は、ファイルsamtools viewを読み上げるだけです。.bamのように考えることができますcat。
前もって感謝します！