単一のgenbankファイルを取得してヌクレオチド配列を引き出し、元のファイルに上書きするpython関数を作成しました..
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
_Sequences = []
def func(file):
for rec in SeqIO.parse(file, "genbank"):
id = "{}:{}{}".format(rec.id, rec.features[2].location, rec.description)
sequence = SeqRecord(rec.seq, id=id, description="")
_Sequences.append(sequence)
SeqIO.write(_Sequences, file, 'fasta')
return
それから..
func("file.fasta")
これは単一のファイルに対してはうまく機能しますが、ディレクトリ内のすべてのファイルをループしてこのコマンドを実行する方法を理解する必要があります。私はしばらくPythonを使用していないので、助けていただければ幸いです。