MRI DICOM 画像を NIfTI 形式に変換した後、マスクが正しい位置にありませんでした。ファイル形式を変換する前は、マスクは正しい場所 (sella 領域) にありました。マスクは最初は mha 形式で、NIfTI ファイルに変換されました。ただし、マスクを NIfTI 形式に変換した後でも、まだ間違った場所にあります。
`def transform(input_names, out_path, name):
converter = Dcm2niix()
converter.inputs.source_names = input_names
# converter.inputs.compression = 5
converter.inputs.out_filename = name
converter.inputs.output_dir = out_path
# converter.inputs.merge_imgs = True
cmd=converter.cmdline
os.system(cmd)`
img_mask=sitk.ReadImage(mask_file)
sitk.WriteImage(img_mask,outpath+pt_name+'_mask.nii.gz')