MSDeploySourceManifestTask で runCommand オプションを設定できないようです。パスは正常に機能しますが、他のパスは機能しません。
<MsDeploySourceManifest Include="runCommand">
<waitInterval>5000</waitInterval>
<Path>dir</Path>
<dontUseCommandExe>True</dontUseCommandExe>
</MsDeploySourceManifest>
どうしたんだ?