NuGet 2.6以降では、VisualStudioのWeb.config変換に使用されるXDT構文を使用してWeb.configファイルを実際に変換できます。
http://docs.nuget.org/docs/creating-packages/configuration-file-and-source-code-transformationsを参照してください。
XML-Document-Transform(XDT)のサポート
NuGet 2.6以降、プロジェクト内のXMLファイルを変換するためにXDTがサポートされています。XDT構文は、パッケージのContentフォルダーの下にある.install.xdtファイルと.uninstall.xdtファイルで使用できます。これらのファイルは、パッケージのインストール時とアンインストール時にそれぞれ適用されます。
たとえば、上記のようにMyNuModuleをweb.configファイルに追加するには、次のセクションをweb.config.install.xdtファイルで使用できます。
<?xml version="1.0"?>
<configuration xmlns:xdt="http://schemas.microsoft.com/XML-Document-Transform">
<system.webServer>
<modules>
<add name="MyNuModule" type="Sample.MyNuModule" xdt:Transform="Insert" />
</modules>
</system.webServer>
</configuration>
一方、パッケージのアンインストール中にMyNuModule要素のみを削除するには、web.config.uninstall.xdtファイルで次のセクションを使用できます。
<?xml version="1.0"?>
<configuration xmlns:xdt="http://schemas.microsoft.com/XML-Document-Transform">
<system.webServer>
<modules>
<add name="MyNuModule" xdt:Transform="Remove" xdt:Locator="Match(name)" />
</modules>
</system.webServer>
</configuration>