コンソールから FIJI マクロを実行し、いくつかの変数を渡したいと思います。ImageJ マクロ言語https://imagej.nih.gov/ij/developer/macro/macros.html#cli と ImageJ のコマンド ライン ドキュメント https://imagej.nih.gov/ij/docs の指示に従いました。 /install/linux.html#options . これらに続いて、次のようにスクリプトを実行しようとしました：
java -jar /home/user/Programs/Fiji/Fiji.app/jars/ij.jar -ijpath /home/user/Programs/Fiji/Fiji.app/plugins -macro test2.ijm 'variable'
しかし、「ij.jar」が存在しないため、明らかに機能しません。インストール フォルダを調べたところ、"ij-1.53f.jar" という名前のファイルが見つかりました。これは目的のファイルと疑わしいほど似ており、1.53 はインストールのバージョン番号です。だから私はこれを試しました：
java -jar /home/user/Programs/Fiji/Fiji.app/jars/ij-1.53f.jar -ijpath /home/user/Programs/Fiji/Fiji.app/plugins -macro test2.ijm 'variable'
これにより、基本的なタスクに使用できる ImageJ エンティティ (FIJI ではありません!) が開かれましたが、必要なプラグインがありませんでした。プラグイン フォルダーを指定するはずの ijpath 引数を使用したことに注意してください (マクロ言語のドキュメントを参照してください。上記のリンクを参照)。
ですから、コンソールから直接 FIJI を実行する方法は他にあるのでしょうか? 前もって感謝します。