cKDTreeは KDTree のサブセットであり、 Cython でラップされた C++ で実装されているため、高速です。
それらのそれぞれは
各ノードが軸に沿った超長方形を表すバイナリ トライ。各ノードは軸を指定し、その軸に沿った座標が特定の値より大きいか小さいかに基づいて点のセットを分割します。
しかしKDTree
また、点の配列と他の kd ツリーの両方を使用した全近傍クエリもサポートしています。これらはかなり効率的なアルゴリズムを使用していますが、kd-tree がこの種の計算に最適なデータ構造であるとは限りません。