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CarveMe v1.0 で、NCBI ゲノム GCF_000009365.1 を使用してモデルを構築しました。SBML レベル 3 バージョン 1。私は Python 3.9.7 で cobrapy を使用して作業しています。モデルには、探索したい経路があります。この経路のすべての反応がブロックされているわけではありませんが、そのうちの 1 つが機能していません。これを目的にすると、 model.slim_optimize() の結果は 0.0 になります。パスウェイの前後の反応は、高い結果を出しています。モデルの反応は次のとおりです。

 </reaction>
  <reaction id="R_ECOAH3" name="3-hydroxyacyl-CoA dehydratase (3-hydroxyoctanoyl-CoA)" reversible="true" fast="false" fbc:lowerFluxBound="cobra_default_lb" fbc:upperFluxBound="cobra_default_ub">
    <notes>
      <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
        <p>EC Number: 4.2.1.74</p>
        <p>BioCyc: META:RXN-14276</p>
        <p>BioPath Reaction: RXN01410</p>
        <p>MetaNetX (MNX) Equation: MNXR1867</p>
        <p>RHEA: 31199;31200;31201;31202</p>
        <p>KEGG Reaction: R04746</p>
        <p>GENE_ASSOCIATION: (G_WP_011587812_1 or G_WP_011588933_1 or G_WP_011589827_1 or G_WP_041705107_1)</p>
      </html>
    </notes>
    <listOfReactants>
      <speciesReference species="M_3hocoa_c" stoichiometry="1" constant="true"/>
    </listOfReactants>
    <listOfProducts>
      <speciesReference species="M_h2o_c" stoichiometry="1" constant="true"/>
      <speciesReference species="M_oc2coa_c" stoichiometry="1" constant="true"/>
    </listOfProducts>
    <fbc:geneProductAssociation>
      <fbc:or>
        <fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_G_WP_011587812_1"/>
        <fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_WP_011588933_1"/>
        <fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_WP_011589827_1"/>
        <fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_WP_041705107_1"/>
      </fbc:or>
    </fbc:geneProductAssociation>
  </reaction>

なぜそれが機能しないのですか？

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