ggtree を使用してプロットを作成しようとしていますが、先端点と枝の両方に色を付けようとすると問題が発生します。ツリーはこれらの両方で独立して動作しますが、一緒に試してみるとfill、ノードの for はブランチからの引数によってオーバーライドされ、color灰色になります (または、すべて一緒に無視して同じNA色にデフォルト設定されていますか?)。
問題を生成するために必要な最小限のコードは次のとおりです。
p <- ggtree(rerooted_tree, aes(color = support))
p <- p %<+% my_DF +
geom_tippoint(aes(fill = as.factor(domains.present)))
p
変数domains.presentはデータフレーム内の文字列であり、以下のコードcolorのようではなく、完全に機能します。fillただし、上記のコードでは、domains.presentが記述されていないas.factor場合aes、 というエラー メッセージが表示されますContinuous value supplied to discrete scale。
q <- ggtree(rerooted_tree)
q <- q %<+% All.my_DF +
geom_tippoint(aes(color = domains.present), size = 1)
q
これが単なる構文の問題であることを願っていますが、必要に応じて reprex をまとめて追加できるように取り組んでいます。これはこの投稿と非常によく似た問題ですが、そこの OP は ggtree なしで解決しました (できればシンプルに保ちたいです)。前もって感謝します！