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Rpy2を使用してBioconductorで古典的な遺伝子発現の例を実行する方法を模索していますが、最初は行き詰まっています。データをどのようにロードしますか？Rでは次のことを行います。

> library('ALL')
> library('limma')
> data('ALL')

Pythonでは次のことを行います。

>>> import rpy2.robjects as robjects
>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> base = importr('base')
>>> ALL = importr('ALL')

Pythonと同等の方法：

> data('ALL') ??

拡張機能のドキュメントにパッケージデータが読み込まれる例はありません。signature "character"私はこれがそれである可能性があると思いましたが、データはに供給されたときに持っているので、適切なクラスではないようですfeatureNames：

>>> data = robjects.r('data(ALL)')
>>> data.rclass
<rpy2.rinterface.SexpVector - Python:0x1004b3828 / R:0x10376d558>
>>> featureNames = robjects.r('featureNames')
>>> featureNames(data)
Error in function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function "featureNames", for signature "character"
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.2dev_20110818-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 82, in __call__
    return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
  File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.2dev_20110818-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 34, in __call__
    res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function "featureNames", for signature "character"

更新：私は今それを持っていると思います：

>>> import rpy2.robjects as robjects
>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> base =  importr('base')
>>> ALL = importr('ALL')
>>> data = robjects.r('data(ALL)')
>>> data.rclass
<rpy2.rinterface.SexpVector - Python:0x258b190 / R:0xdf86c8>
>>> data = robjects.globalenv['ALL']
>>> data
<RS4 - Python:0x2591490 / R:0x29a2134>
>>> data.rclass
<rpy2.rinterface.SexpVector - Python:0x258b3b0 / R:0xdf85c8>
>>> featureNames = robjects.r('featureNames')
>>> featureNames(data)
<StrVector - Python:0x23e4f08 / R:0x304fc00>
['1000..., '1001..., '1002..., ..., 'AFFX..., 'AFFX..., 'AFFX...]
>>> exprs = robjects.r['exprs']
>>> e = exprs(data)
>>> e
<Matrix - Python:0x23b2da0 / R:0x84d8000>
[7.597323, 5.046194, 3.900466, ..., 3.095670, 3.342961, 3.842535]
>>>
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この問題は、rpy2のbioconductor拡張機能を含むPythonパッケージで解決する必要があります

于 2011-08-18T19:34:24.500 に答える