netbeans が ftp アップロードを実行するたびに、640 に設定されたパーミッションでファイルがアップロードされます。これにより、PHP は次のエラーをスローします。
Warning: Unknown: failed to open stream: Permission denied in Unknown on line 0
Fatal error: Unknown: Failed opening required '/Library/WebServer/Documents/notes/index.php' (include_path='.:/usr/local/php5/lib/php') in Unknown on line 0
コマンドプロンプトで簡単chmod o+r ./*
にクリーンアップできますが、次に実行を押すと、netbeans がプロジェクト全体を再同期し、権限が 640 に戻ります。
パーミッションを 644 に設定して、netbeans にファイルをアップロードさせる方法が必要です。