非常に単純な複合データセットがあり、約100万行の複合データ型があります。
ロング1つ、ダブル3つ。
すべてのプロセッサに均等に分散された集合呼び出しを使用して、MPIと並行して読みたいと思います。
HDF5の低レベルのインターフェースは使用が非常に複雑であり、そのような単純なデータセットの場合、LiteやTableなどの高レベルのAPIの1つを使用できるかどうか疑問に思います。ドキュメントから明らかでないのは、これらのAPIがMPI一括読み取りをサポートしているかどうかです。
誰かがHDF51.8を使用してこの単純なデータセットをC構造体に読み取ることができる最も単純なコードスニペットを書くことができますか？
専門家にとってこれは些細なことだと思いますが、初心者にとっては、HDF5（およびそのドキュメント）の複雑さにより、非常に困難な作業になります。
ありがとう。
HDF5パラレルI/Oチュートリアルを見つけましたか？
http://www.hdfgroup.org/HDF5/Tutor/parallel.html
HDF5データ型の作成方法も学ぶ必要があるようです。
http://www.hdfgroup.org/HDF5/Tutor/datatypes.html
並行して集合呼び出しを行うには、いくつかのことを行う必要があります。まず、プロセッサ間でデータセットを分解する必要があります。少し算術的に、必要な開始パラメーターとカウントパラメーターが得られます。HDF5プロパティリストを使用して並列I/Oを有効にする必要があります。これは、並列I/Oチュートリアルで詳しく説明されています。あまり文書化されていないのは、集合I/Oを有効にするためのフラグです。
xfer_plist = H5Pcreate (H5P_DATASET_XFER);
ret=H5Pset_dxpl_mpio(xfer_plist, H5FD_MPIO_COLLECTIVE);
このページの最後に素晴らしい例があります：