Rでコードダイアグラムをプロットしようとしています.赤で囲まれた2つの領域を除いてうまく機能します(リンクのプロットを参照してください-匿名のために実際のセクターラベルをカバーしていることに注意してください)。これら 2 つの領域のリンクは、セクター領域の外側にあるか、別のリンクによってオーバーレイされています。リンクが（オーバーレイではなく）互いに隣接し、セクター領域内にとどまるようにしたいと思います。
circos.link (??) を使用してカスタマイズする必要があるかもしれないと感じていますが、リンクが正しく整列するようにセクターの範囲を修正する方法がわかりません。どんな指示/助けも大歓迎です。
これは私が使用したコードです：
# initialise the circos plot
circos.clear()
par(mar = rep(0, 4), cex=1)
circos.par(start.degree = 90, track.margin=c(-0.1, 0.1),
gap.degree = 4, points.overflow.warning = FALSE)
# plot the chord diagram
chordDiagram(x = d4,
order = d1$lchd ,
grid.col = d1$col1,
annotationTrack = "grid",
transparency = 0.6, annotationTrackHeight = c(0.05, 0.1),
self.link = 1,
directional = 1,
diffHeight = -0.04, link.sort = TRUE, link.largest.ontop = TRUE)
# add labels and axis
circos.track(track.index = 1, bg.border = NA, panel.fun = function(x, y) {
xlim = get.cell.meta.data("xlim")
ylim = get.cell.meta.data("ylim")
sector.name = get.cell.meta.data("sector.index")
circos.text(x = mean(xlim), y = 2.75, labels = sector.name, facing = "bending", cex = 1.1)
circos.axis(h = "top", major.at = seq(from = 0, to = xlim[2], by = 3),
minor.ticks = 2, major.tick.percentage = 10, labels.niceFacing = FALSE)
})
これが役立つ場合、これはデータ d4 と d1 のセットです。
