Xcode が使用しているコマンド ラインのビルド ログを確認することで、Xcode の問題を簡単にデバッグできる場合があります。
コマンド ラインからビルドしている場合、 -miphoneos-version-min= を指定しないと、そのメッセージを取得できます。
This compiles:
(where conftest.c just contains int main() {})
/Applications/Xcode5.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/clang -arch i386 --sysroot /Applications/Xcode5.app/Contents/Developer/Platforms/iPhoneSimulator.platform/Developer/SDKs/iPhoneSimulator7.0.sdk --sysroot /Applications/Xcode5.app/Contents/Developer/Platforms/iPhoneSimulator.platform/Developer/SDKs/iPhoneSimulator6.0.sdk -miphoneos-version-min=6.0 conftest.c
And this gives the error:
/Applications/Xcode5.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/clang -arch i386 --sysroot /Applications/Xcode5.app/Contents/Developer/Platforms/iPhoneSimulator.platform/Developer/SDKs/iPhoneSimulator7.0.sdk --sysroot /Applications/Xcode5.app/Contents/Developer/Platforms/iPhoneSimulator.platform/Developer/SDKs/iPhoneSimulator7.0.sdk conftest.c
ld: building for MacOSX, but linking against dylib built for iOS Simulator file '/Applications/Xcode5.app/Contents/Developer/Platforms/iPhoneSimulator.platform/Developer/SDKs/iPhoneSimulator6.0.sdk/usr/lib/libSystem.dylib' for architecture i386
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)