-2

ここでは、2つのベクトルの積分の計算を実装するためにあなたの助けを借りたいと思います。Rに関連する積分計算のページをチェックしました。しかし、数学のトレーニングがほとんどないので、それでも自分でそれを行うことはできません。

私の目的は、この文のアイデアを実装することです。「位置ごとにレート推定値をプロットすると、遺伝子地図はこのプロットの積分にすぎません。」これは、私が変数（レート、ポジション）を持っていることを意味し、各ポジションには独自のレートがあります。各ポジションのレートの積分を計算したいと思います。ここでは、位置は単調に増加しています。

このタスクは、数学の計算に精通している人にとってはそれほど複雑であってはなりません。それで、それについての指示/指示を教えていただけますか？

前もって感謝します。

# here I make dummy data

position <- c(2,34,58)
rate <- c(14, 20, 5)
4

1 に答える 1

4

数学では、積分は曲線の下の領域です。あなたの例では、位置と速度で定義された曲線の下の領域が必要です。

position <- c(2,34,58)
rate <- c(14, 20, 5)  

plot(position, rate, type="l", ylim=c(0, 25))

ここに画像の説明を入力してください

台形公式を使用して、曲線の下の面積を手動で計算できます。

32*17 + 24*12.5 = 844

または、プログラムでそれを行うには：

AUC <- function(x, y){
  sum(diff(x)*rollmean(y,2))
}

AUC(position, rate)
[1] 844
于 2011-09-09T08:49:49.437 に答える