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まず、Rを使用してプログラミングを始めたばかりです。データの式セットを作成できません。アッセイデータとフェノデータを組み合わせて式セットを作成しようとすると、エラーが発生します。

validObject（.Object）のエラー："無効なクラス"" ExpressionSet" "オブジェクト：sampleNamesがassayDataとphenoDataで異なります"

サンプルデータ、作成したphenodataテーブル、Rプログラムをご覧ください。これを機能させるには、phenodataを変更する必要があると思います。

これを解決し、表現型データを変更する方法を教えてください。

AssayData                                                       
    0h-1    0h-2    6h-1    6h-2    12h-1   12h-2   24h-1   24h-2   48h-1   48h-2   72h-1   72h-2   96h-1   96h-2
171407  4.021342514 4.021342514 6.847201005 6.847201005 3.189312274 3.189312274 3.322687671 3.322687671 4.929574559 4.929574559 4.040127938 4.040127938 3.181587044 3.181587044
171415  267.8091012 267.8091012 358.8511895 358.8511895 266.4562608 266.4562608 210.259177  210.259177  243.1496956 243.1496956 248.2780935 248.2780935 235.7079055 235.7079055
171426  13.3620332  13.3620332  5.581083074 5.581083074 12.5236932  12.5236932  8.433621131 8.433621131 13.07390505 13.07390505 12.94673202 12.94673202 23.43214156 23.43214156
171453  37.65310777 37.65310777 27.88942772 27.88942772 54.7409581  54.7409581  78.86045287 78.86045287 63.61655487 63.61655487 67.31327606 67.31327606 62.35426899 62.35426899

PhenoData                                                       
        condition   time    rep                                         
0h-1    Control 0   1                                           
0h-2    Control 0   2                                           
6h-1    treatment   6   1                                           
6h-2    treatment   6   2                                           
12h-1   treatment   12  1                                           
12h-2   treatment   12  2                                           
24h-1   treatment   24  1                                           
24h-2   treatment   24  2                                           
48h-1   treatment   48  1                                           
48h-2   treatment   48  2                                           
72h-1   treatment   72  1                                           
72h-2   treatment   72  2                                           
96h-1   treatment   96  1                                           
96h-2   treatment   96  2

私のコード：

library(""Biobase"")                                                        
library(""betr"")                                                                                                   
exprs <- as.matrix(read.table(""Timecourse-Assaydata.txt"", header=TRUE, sep=""\t"", row.names=1, as.is=TRUE))                                                      
pData <- read.table(""Timecourse-Phenodata.txt"", row.names=1, header=TRUE, sep=""\t"")                                                     
metadata <- data.frame(labelDescription = c(""Hour of treatment"", ""Treatment time"", ""number of replicates""), row.names = c(""condition"", ""time"", ""rep""))                                                      
phenoData <- new(""AnnotatedDataFrame"", data = pData, varMetadata = metadata)                                                  

exprspop <- new(""ExpressionSet"", exprs = exprs, phenoData = phenoData)

validObject（.Object）のエラー："無効なクラス"" ExpressionSet" "オブジェクト：sampleNamesがassayDataとphenoDataで異なります"

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この質問の正しい場所は、Bioconductorサポート サイトです。問題の本質を捉えた再現可能な例を提供することをお勧めします。再現可能な例を作成すると、多くの場合、問題の原因を特定するのに役立ちます。

library(Biobase)

exprs <- matrix(0, nrow=5, ncol=3,
                dimnames=list(letters[1:5], LETTERS[1:3]))
pData <- data.frame(id=c("foo", "bar", "baz"),
                    row.names=c("x", "y", "z"))
phenoData <- AnnotatedDataFrame(data=pData)

につながる

> ExpressionSet(exprs, phenoData=phenoData)
Error in validObject(.Object) : 
  invalid class "ExpressionSet" object: sampleNames differ between assayData and
phenoData

問題は、colnameの(つまり、実験のサンプルの名前)が(つまり、サンプルの説明exprs) と異なることです。row.namespData

> row.names(pData)
[1] "x" "y" "z"
> colnames(exprs)
[1] "A" "B" "C"

解決策はそれらを同じにすることです

> colnames(exprs) <- row.names(pData)
> eset <- ExpressionSet(exprs, phenoData=phenoData)
> eset
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 5 features, 3 samples 
  element names: exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: x y z
  varLabels: id
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation:

を使用して既存の ExpressionSet に追加の要素を追加できますassayDataReplace()。

> assayDataElement(eset, "foo") <- sqrt(exprs)
> eset
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 5 features, 3 samples 
  element names: exprs, foo 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: x y z
  varLabels: id
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation:

もしくは最初から

> env = new.env()
> env$exprs = exprs
> env$sqrt = sqrt(exprs)
> lockEnvironment(env)
> ExpressionSet(env, pData=pData)
ExpressionSet (storageMode: environment)
assayData: 5 features, 3 samples 
  element names: exprs, sqrt 
protocolData: none
phenoData: none
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation:
于 2011-09-09T15:51:03.370 に答える