プラグインがPHP経由でサーバー上で画像編集を行うと仮定していますか?その場合、PNG画像のアルファ透明度を維持するためにいくつかの特別な呼び出しを行う必要があります。
$x = $_GET["x"];
$y = $_GET["y"];
$w = $_GET["w"];
$h = $_GET["h"];
// Load the original image.
$img = imagecreatefrompng($img_path);
imagealphablending($img, true);
// Create a blank canvas for the cropped image.
$img_cropped = imagecreatetruecolor($w, $h);
imagesavealpha($img_cropped, true);
imagealphablending($img_cropped, false);
$transparent = imagecolorallocatealpha($img_cropped, 0, 0, 0, 127);
imagefill($img_cropped, 0, 0, $transparent);
// Crop the image and store the data on the blank canvas.
imagecopyresampled($img_cropped, $img, 0, 0, $x, $y, $w, $h, $w, $h); // or imagecopy()
// Save the image.
imagepng($img_cropped, "image_cropped.png", 2);
// Free memory.
imagedestroy($img);
imagedestroy($img_cropped);
これは、ここでのPHPのimagecopyresampled()の説明で数回触れられています。