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樹状図描画機能を持つ R の ape (Analysis of Phylogenetics and Evolution) パッケージを使用しています。次のコマンドを使用してデータを Newick 形式で読み取り、プロット関数を使用して樹形図を描画します。

library("ape")
gcPhylo <-read.tree(file = "gc.tree")
plot(gcPhylo, show.node.label = TRUE)

データ セットが非常に大きいため、ツリーの下位レベルで詳細を確認することはできません。黒い領域しか見えませんが、詳細はわかりません。上からは数レベルしか見えず、詳細はわかりません。

プロット機能のズーム機能があるかどうか疑問に思っていました。xLim と yLim を使用して領域を制限しようとしましたが、それらは領域を制限するだけで、詳細を表示するためにズームしません。ズームするか、ズームせずに詳細を表示すると、問題が解決します。

また、問題を解決するのに役立つ他のパッケージ、関数、またはツールを知っていることもありがたいです。

ありがとう。

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cut指定した高さでデンドログラムを作成し、要素をプロットすることができます。

まず、組み込みのデータセットを使用してクラスタリングを作成しますUSArrests。次に、次のように変換しますdendrogram。

hc <- hclust(dist(USArrests))
hcd <- as.dendrogram(hc)

次に、 を使用cut.dendrogramして指定の高さでカットします。この場合はh=75です。これによりupper、カットのビットの樹状図のリストと、branchカットの下のそれぞれに 1 つずつ、樹状図のリストが生成されます。

par(mfrow=c(3,1))

plot(hcd, main="Main")
plot(cut(hcd, h=75)$upper, 
     main="Upper tree of cut at h=75")
plot(cut(hcd, h=75)$lower[[2]], 
     main="Second branch of lower tree with cut at h=75")

ここに画像の説明を入力

于 2011-09-13T15:31:46.727 に答える
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他のcut回答で説明されている機能は非常に優れたソリューションです。インタラクティブな調査のためにツリー全体を 1 ページに保持したい場合は、PDF 上の大きなページにプロットすることもできます。

結果の PDF はベクトル化されるため、解像度を損なうことなく、お気に入りの PDF ビューアでズームインできます。

プロット出力を PDF に送信する方法の例を次に示します。

# Open a PDF for plotting; units are inches by default
pdf("/path/to/a/pdf/file.pdf", width=40, height=15)

# Do some plotting
plot(gcPhylo)

# Close the PDF file's associated graphics device (necessary to finalize the output)
dev.off()
于 2011-09-13T16:53:38.497 に答える