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pdb ファイルから原子座標を抽出するための単純な C++ ライブラリを探しています。私が遭遇したほとんどのものは、私の単純なニーズに対してあまりにも多くのことを行い、それらを不必要に複雑にしています.

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これを行うために何かを使用してから何年も経ちましたが、Python ライブラリしか使用していません。(実際、私はラトガース大学の PDB で夏の仕事をしていました)。

あなたが使いたいのはC++用のOEChemだと思います（それはOpen eyeです... Pythonライブラリもあります）。

私が覚えているもう 1 つの Python ライブラリは、pymmlib (Python 高分子ライブラリ) です。C++でも利用できるかもしれませんが、プロプライエタリなソフトウェアだと思うので、ライセンスが必要です。

もっと覚えておけばよかった...これが役に立てば幸いです。自分でコーディングしたくない場合を除き、軽量のソリューションはないと思います。

于 2009-04-11T17:50:26.633 に答える
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ESBTL (Easy Structural Biology Template Library) ( http://esbtl.sourceforge.net/ ) はかなり最近のライブラリで、おそらくあなたのニーズに最適です。それ自体は非常に軽量 (ヘッダーのみ) ですが、Boost ライブラリに依存しているため、気が進まない場合もあります。

それを説明する論文の要約はここにあります: (http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/8/1127.abstract)

于 2010-12-06T15:13:42.387 に答える