JBoss Tools 3.3の「Jboss Maven Integration」および「JBossAS Tools」プラグインがインストールされたEclipse Indigoを使用しています（他の20ほどのJBoss Toolsプラグインはありません）。アプリケーションは、JBossAS Tools 4.2 ランタイムを使用して JBoss 4.2 にデプロイされています。
問題を再現する手順は次のとおりです...
1. 動的 Web プロジェクトを作成する
プロジェクトは、ウェルカム ファイルのリストを含むデフォルトのデプロイメント記述子で作成されます。プロジェクト エクスプローラーで [ようこそページ] アイコンを展開すると、"web.xml" 内のファイルが一覧表示されます。
2. Maven プロジェクトに変換する
プロジェクトを右クリックし、[構成] > [Maven プロジェクトに変換] を選択します。「war」パッケージを指定し、名前と説明を付けます。
この時点で、「web.xml」を変更して保存すると、変更が Project Explorer にすぐに反映されます。
3. プロジェクト構成の更新
プロジェクトを右クリックし、[Maven] > [プロジェクト構成の更新...] を選択して、Maven にプロジェクト構成を更新させます。(通常、これを行う前に POM のビルド構成を変更しますが、すぐに更新しただけでも問題は発生します。)
4. Eclipse が Web.xml を読み取らない
プロジェクトを更新した直後は、すべて問題ないようです。しかし、次に「web.xml」を保存すると、Project Explorer に正しく表示されなくなります。
「web.xml」が正しく表示されていなくても、Project Explorer で Deploymen Descriptor をダブルクリックすると、Eclipse がファイルを正しく開くため、これは非常に奇妙です。
Project Explorer がコンテンツを表示できないことは、実際の問題ではありません。Eclipse が「web.xml」を正しく認識できないことを示しているだけです。本当の問題は、JBoss Tools を使用して、プロジェクトに触れる記述子がないことを示すため、"Touch Descriptors" ボタン (小さな手) を押してもソリューションを再デプロイできないことです。Eclipse が「web.xml」への参照を JBoss プラグインなどに与えることができないようです...
何か案は？:)