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行列をブロック (ストライプではなく) に分割し、MPI_Scatter を使用してこのブロックを分散したいと考えています。

うまくいく解決策を思いつきましたが、「ベストプラクティス」にはほど遠いと思います。0 から 63 までの数字で満たされた 8x8 行列があります。次に、MPI_Type_vector を使用して 4 つの 4x4 ブロックに分割し、MPI_Send を介して配布しますが、大きな行列の各ブロックのオフセットを計算する必要があるため、これには追加の計算が必要です。

スキャッターを使用すると、最初 (左上) のブロックは正常に転送されますが、他のブロックは転送されません (ブロックの開始のオフセットが間違っています)。

MPI_Scatter を使用して行列のブロックを転送することは可能ですか、または目的の分解を行うための最良の方法は何ですか?

これは私のコードです:

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <mpi.h>

#define SIZE 8


int main(void) {

        MPI_Init(NULL, NULL);
        int p, rank;
        MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &p);
        MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
        char i;

        char a[SIZE*SIZE];
        char b[(SIZE/2)*(SIZE/2)];

        MPI_Datatype columntype;
        MPI_Datatype columntype2;

        MPI_Type_vector(4, 4, SIZE, MPI_CHAR, &columntype2);
        MPI_Type_create_resized( columntype2, 0, sizeof(MPI_CHAR), &columntype );
        MPI_Type_commit(&columntype);

        if(rank == 0) {
                for( i = 0; i < SIZE*SIZE; i++) {
                        a[i] = i;
                }

                for(int rec=0; rec < p; rec++) {
                        int offset = (rec%2)*4 + (rec/2)*32;
                      MPI_Send (a+offset, 1, columntype, rec, 0, MPI_COMM_WORLD);
                }
        }
        MPI_Recv (b, 16, MPI_CHAR, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE);
        //MPI_Scatter(&a, 1, boki, &b, 16, MPI_CHAR , 0, MPI_COMM_WORLD);

        printf("rank= %d  b= \n%d %d %d %d\n%d %d %d %d\n%d %d %d %d\n%d %d %d %d\n", rank, b[0], b[1], b[2], b[3], b[4], b[5], b[6], b[7], b[8], b[9], b[10], b[11], b[12], b[13], b[14], b[15]);

        MPI_Finalize();

        return 0;
}
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あなたが持っているのは、ほとんど「ベストプラクティス」です。慣れるまでは少し戸惑います。

ただし、次の 2 つの点があります。

まず、これに注意してください:sizeof(MPI_CHAR)は、1 ではなく 4 バイトだと思います。 MPI_CHARは、(MPI ライブラリに対して) 文字を記述する (整数) 定数です。おそらく、、、、sizeof(char)またはSIZE/2*sizeof(char)その他の便利なものが必要です。しかし、サイズ変更を行う基本的な考え方は正しいです。

MPI_Scatterv第 2 に、各ブロック間のオフセットを同じサイズにする簡単な方法がないため、 の使用に行き詰まっていると思います。つまり、最初のブロックの最初の要素は にありa[0]、2 番目の要素はa[SIZE/2](サイズのジャンプ/2) にあり、次の要素はa[SIZE*(SIZE/2)](のジャンプ(SIZE-1)*(SIZE/2)) にあります。そのため、オフセットを手動で生成できる必要があります。

以下は私にとってはうまくいくようです（「サイズ」が「行数」と「列数」などを意味する場合を明確にするために、少し一般化しました）：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <mpi.h>

#define COLS  12
#define ROWS  8

int main(int argc, char **argv) {

    MPI_Init(&argc, &argv);
    int p, rank;
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &p);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
    char i;

    char a[ROWS*COLS];
    const int NPROWS=2;  /* number of rows in _decomposition_ */
    const int NPCOLS=3;  /* number of cols in _decomposition_ */
    const int BLOCKROWS = ROWS/NPROWS;  /* number of rows in _block_ */
    const int BLOCKCOLS = COLS/NPCOLS; /* number of cols in _block_ */

    if (rank == 0) {
        for (int ii=0; ii<ROWS*COLS; ii++) {
            a[ii] = (char)ii;
        }
    }

    if (p != NPROWS*NPCOLS) {
        fprintf(stderr,"Error: number of PEs %d != %d x %d\n", p, NPROWS, NPCOLS);
        MPI_Finalize();
        exit(-1);
    }
    char b[BLOCKROWS*BLOCKCOLS];
    for (int ii=0; ii<BLOCKROWS*BLOCKCOLS; ii++) b[ii] = 0;

    MPI_Datatype blocktype;
    MPI_Datatype blocktype2;

    MPI_Type_vector(BLOCKROWS, BLOCKCOLS, COLS, MPI_CHAR, &blocktype2);
    MPI_Type_create_resized( blocktype2, 0, sizeof(char), &blocktype);
    MPI_Type_commit(&blocktype);

    int disps[NPROWS*NPCOLS];
    int counts[NPROWS*NPCOLS];
    for (int ii=0; ii<NPROWS; ii++) {
        for (int jj=0; jj<NPCOLS; jj++) {
            disps[ii*NPCOLS+jj] = ii*COLS*BLOCKROWS+jj*BLOCKCOLS;
            counts [ii*NPCOLS+jj] = 1;
        }
    }

    MPI_Scatterv(a, counts, disps, blocktype, b, BLOCKROWS*BLOCKCOLS, MPI_CHAR, 0, MPI_COMM_WORLD);
    /* each proc prints it's "b" out, in order */
    for (int proc=0; proc<p; proc++) {
        if (proc == rank) {
            printf("Rank = %d\n", rank);
            if (rank == 0) {
                printf("Global matrix: \n");
                for (int ii=0; ii<ROWS; ii++) {
                    for (int jj=0; jj<COLS; jj++) {
                        printf("%3d ",(int)a[ii*COLS+jj]);
                    }
                    printf("\n");
                }
            }
            printf("Local Matrix:\n");
            for (int ii=0; ii<BLOCKROWS; ii++) {
                for (int jj=0; jj<BLOCKCOLS; jj++) {
                    printf("%3d ",(int)b[ii*BLOCKCOLS+jj]);
                }
                printf("\n");
            }
            printf("\n");
        }
        MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
    }

    MPI_Finalize();

    return 0;
}

ランニング：

$ mpirun -np 6 ./matrix

Rank = 0
Global matrix: 
  0   1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11 
 12  13  14  15  16  17  18  19  20  21  22  23 
 24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35 
 36  37  38  39  40  41  42  43  44  45  46  47 
 48  49  50  51  52  53  54  55  56  57  58  59 
 60  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71 
 72  73  74  75  76  77  78  79  80  81  82  83 
 84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95 
Local Matrix:
  0   1   2   3 
 12  13  14  15 
 24  25  26  27 
 36  37  38  39 

Rank = 1
Local Matrix:
  4   5   6   7 
 16  17  18  19 
 28  29  30  31 
 40  41  42  43 

Rank = 2
Local Matrix:
  8   9  10  11 
 20  21  22  23 
 32  33  34  35 
 44  45  46  47 

Rank = 3
Local Matrix:
 48  49  50  51 
 60  61  62  63 
 72  73  74  75 
 84  85  86  87 

Rank = 4
Local Matrix:
 52  53  54  55 
 64  65  66  67 
 76  77  78  79 
 88  89  90  91 

Rank = 5
Local Matrix:
 56  57  58  59 
 68  69  70  71 
 80  81  82  83 
 92  93  94  95
于 2011-09-28T17:25:42.377 に答える