私はこれを数回経験しました。
proj.xcdatamodeld/proj.xcdatamodel/ の内容がハード ドライブからランダムに消えます。ただし、Xcode は問題なくモデル ファイルを開きます。
場合によっては、3 つのファイル (要素、レイアウト、コンテンツ) がすべて消えることがあります。また、ファイルのサブセットのみが消える場合もあります。
ディスクユーティリティでファイルシステムチェックを行いましたが、問題は検出されませんでした。
xcdatamodel のすべてのビルド設定などが正しいことを確認しました。