WebkitのsqliteDBを（UIWebView経由で）使用するphonegap iOSアプリがありますが、sqliteデータがiCloud Backup（iOS5）で保存されるのではないかと思います。sqliteデータはLibrary/WebKitフォルダーに保存されます。アップルのドキュメントでは、彼らは次のように述べています。
アプリケーションのホームディレクトリ内のファイルの配置によって、バックアップされるものとバックアップされないものが決まります。ユーザーのコンピューターにバックアップされるものはすべて、ワイヤレスでiCloudにもバックアップされます。したがって、Documentsディレクトリ内のすべてと、アプリケーションのLibraryディレクトリのほとんど（すべてではない）。
ただし、ライブラリディレクトリ内のどのフォルダが保存されていないかを正確に知ることができます。そして、ディレクトリが保存されているかどうかを確認するためにiCloudにアクセスする方法がわかりません