protein-database - pdb プロテインバンクフォーマット - リガンド除去

Question

PDB レコードからさまざまなリガンドを削除したいと考えています。HET、HETNAM、HETATM を削除するだけで十分ですか? 化合物は 3 文字のコードで識別されますか、それとも他のフィールドを消去する必要がありますか?

この目的のために既に書かれた python|perl スクリプトはありますか?

Answer 1

open(FILE,"file.pdb");
@file=<FILE>;
foreach (@file){
if (/^HETATM/){
print $_,"\n";
}}

これにより、リガンドが分離されます。リガンドを削除するには、正規表現の前に等しくないようにします。