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cox 回帰からの出力をテーブルにエクスポートして、それを記事に書き込めるようにしたくありません。それを行う最善の方法は、xtableを使用することだと思います：

library(survival)
data(pbc)
fit.pbc <- coxph(Surv(time, status==2) ~ age + edema + log(bili) + 
    log(protime) + log(albumin), data=pbc)

summary(fit.pbc)
library(xtable)
xtable(fit.pbc)

ここで、出力に対して次のことを行います。

  • 95 % の信頼区間 (CI) を追加
  • 特定の行を選択し、年齢とログ (protime) を指定します
  • exp(B) と CI を小数点以下 3 桁に丸めます
  • z & レギュラー coef で列を削除します

前もって感謝します！

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survivalまず、パッケージがデフォルトで出力するテーブルをどのように構築するかを見てみましょう。

その印刷を行う関数を見つけるには、fit オブジェクトのクラスを調べてから、そのクラスの印刷メソッドを探します。

class(fit.pbc)
# [1] "coxph"
grep("coxph", methods("print"), value=TRUE)
# [1] "print.coxph"         "print.coxph.null"   
# [3] "print.coxph.penal"   "print.summary.coxph"

を見てprint.coxph、私が思いついたのは次のとおりです。

cox  <- fit.pbc

# Prepare the columns
beta <- coef(cox)
se   <- sqrt(diag(cox$var))
p    <- 1 - pchisq((beta/se)^2, 1)
CI   <- round(confint(cox), 3)

# Bind columns together, and select desired rows
res <- cbind(beta, se = exp(beta), CI, p)
res <- res[c("age", "log(protime)"),]

# Print results in a LaTeX-ready form
xtable(res)
于 2011-10-15T22:36:15.153 に答える
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xtable(round(summary(fit.pbc)$conf.int[c(1,3),],3))
#-----------------------------#
% latex table generated in R 2.13.1 by xtable 1.5-6 package
% Sat Oct 15 18:36:04 2011
\begin{table}[ht]
\begin{center}
\begin{tabular}{rrrrr}
  \hline
 & exp(coef) & exp(-coef) & lower .95 & upper .95 \\ 
  \hline
age & 1.04 & 0.96 & 1.02 & 1.06 \\ 
  log(bili) & 2.37 & 0.42 & 2.02 & 2.79 \\ 
   \hline
\end{tabular}
\end{center}
\end{table}

これは、summary-object の str で表示される内容を示しています

str(summary(fit.pbc))
# snipped
 $ conf.int    : num [1:5, 1:4] 1.0404 2.4505 2.3716 10.8791 0.0815 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:5] "age" "edema" "log(bili)" "log(protime)" ...
  .. ..$ : chr [1:4] "exp(coef)" "exp(-coef)" "lower .95" "upper .95"
于 2011-10-15T22:37:38.880 に答える