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私は一連の種の生態学的ニッチ モデルを生成しており、AUC を生態学的ニッチの品質の指標として使用したいと考えています。Maxent を開発した Steven Phillips は、彼の Maxent マニュアルで、R で AUC を計算するためのコードを提供しています。しかし、私は部分的な AUC 比率をより堅牢で概念的に健全なメトリックとして報告している論文を読んでいます。ROCR R パッケージを使用して部分 AUC を計算する方法は理解できたと思いますが、AUC 比率をどのように計算するのですか?

Phillips のチュートリアル スクリプトは次のとおりです。

presence<-read.csv("bradypus_variegatus_samplePredictions.csv")
background<-read.csv("bradypus_variegatus_backgroundPredictions.csv")
pp<-presence$Logistic.prediction
testpp<-pp[presence$Test.or.train=="test"]
trainpp<-pp[presence$Test.or.train=="train"]
bb<-background$logistic

combined<-c(testpp,bb)
label<-c(rep(1,length(testpp)),rep(0,length(bb)))
pred<-prediction(combined,label)
perf<-performance(pred,"tpr","fpr")
plot(perf,colorize=TRUE)
performance(pred,"auc")@y.values[[1]] #RETURNS AUC

AUC<-function(p,ind){
    pres<-p[ind]
    combined<-c(pres,bb)
    label<-c(rep(1,length(pres)),rep(0,length(bb)))
    predic<-prediction(combined,label)
    return(performance(predic,'auc')@y.values[[1]])
}

b1<-boot(testpp,AUC,100) #RETURNS AUC WITH STANDARD ERROR
b1

アドバイスや提案をいただければ幸いです。ありがとうございました。

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2 に答える 2

2

データセットとアプリケーションの詳細を知らなくても、

  • 部分 AUC : 曲線の一部のみの下の領域。（通常、あなたが言ったように、より堅牢であるか、そうでなければ望ましいために選択されます）
  • AUC比：あるAUCと別のAUCの比。(通常、何らかの参照)

スー...

  • 部分 AUC 比率: ある部分 AUC と別の部分 AUC の比率。
于 2011-10-19T04:03:06.457 に答える
1

パッケージROCRは、パラメーターを使用して部分的なAUC値を計算できfpr.stop=ます。Johnが言ったように、比率はこの値を参照モデルの同じ計算で割ったものです。

于 2011-10-19T07:06:08.187 に答える