Eclipse wtp を使用して webapp をデプロイすると、pom.xml で指定されたカスタム "webxml" ファイルが 'web.xml' として WEB-INF フォルダーにコピーされません。ただし、ファイルは WEB-INF フォルダーの war で正しくコピーされます。
これは pom.xml のスニペットです
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-war-plugin</artifactId>
<version>2.1.1</version>
<configuration>
<webXml>${webXmlPath}</webXml>
<packagingExcludes>WEB-INF/web.xml</packagingExcludes>
</configuration>
</plugin>
${webXmlPath} はプロファイルに依存し、デフォルト値があります。
<properties>
<webXmlPath>${basedir}/src/main/webapp/WEB-INF/web-embed.xml</webXmlPath>
</properties>
ありがとう :)