OS X Lion で Eclipse Indigo を実行していますが、Java の「ソース」ホバーが正しく機能しないことを除けば、すべてうまく機能しているようです。Java -> Editor -> 環境設定の [ホバー] セクションで構成した内容に関係なく、メソッド名にカーソルを合わせると、次のようなホバーが表示されます。
Javadoc ホバーが無効になっているにもかかわらず、修飾キーを押さずにホバーする: Javadoc (または利用可能な Javadoc がないことを示すメッセージ)。
Command キーを押した状態でホバーすると、オープン宣言またはオープン実装から選択できるポップアップ メニューが表示されます。
Shift キーを押した状態でホバーする: ツールチップ ウィンドウにメソッドのソースが表示されますが、代わりに Javadoc ウィンドウが表示されます (修飾キーが押されていないかのように動作します)。
何をしても、「ソース」ホバーを機能させることができません。それが有効にした唯一のホバーアクションであり、割り当てた修飾キーに関係なく。ソースのホバーが最も便利な IMO であるため、これは残念です。
この問題は Windows 上の Indigo では発生しないため、OS X 固有の問題のようです。