r - Rの単純なマルコフ連鎖（視覚化）

Question

Rで単純な一次マルコフ連鎖を行いたい。MCMCのようなパッケージがあることは知っているが、それをグラフィカルに表示するパッケージが見つからなかった。これも可能ですか？遷移行列と初期状態が与えられれば、マルコフ連鎖を通る経路を視覚的に見ることができれば素晴らしいでしょう（多分私はこれを手でやらなければなりません...）。

ありがとう。

Answer 1

これは、特定の開始ベクトル c(1,0,0,0) にランダム遷移行列を適用する方法を示しています。

set.seed(123)
tmat <- matrix(rnorm(16)^2,ncol=4) 
   # need entries to be positive, could have used abs()
tmat <- tmat/rowSums(tmat) # need the rows to sum to 1
tmat
            [,1]       [,2]       [,3]        [,4]
[1,] 0.326123580 0.01735335 0.48977444 0.166748625
[2,] 0.016529424 0.91768404 0.06196453 0.003822008
[3,] 0.546050789 0.04774713 0.33676288 0.069439199
[4,] 0.001008839 0.32476060 0.02627217 0.647958394
require(expm)   # for the %^% function
matplot( t(         # need to transpose to get arguments to matplot correctly
       sapply(1:20, function(x) matrix(c(1,0,0,0), ncol=4) %*% (tmat %^% x) ) ) )

平衡に近づいていることがわかります。

Answer 2

パッケージ coda ( http://cran.r-project.org/web/packages/coda/index.html ) には、いくつかのプロット機能を含む、MCMC 結果を分析するためのツールがあります。

Answer 3

おそらく、Biostar に関する次のクエリが役立ちます: HMMER3 の HMM ファイルの視覚化。これは、Profile Hidden Markov Models (pHMM) を視覚化するための2 つの外部アプリケーション、LogoMat-MおよびHMMeditorを指しています。