多数のリソースファイルを必要とするJavaアプリケーションを作成しています（それぞれ20〜40Kのファイルが約100個あります）。これらはユーザーが編集することはありませんが、定期的に更新する必要があります（アプリケーションには、リソースファイルへの変更を確認してダウンロードする機能があります）。理想的には、アプリケーションはクロスプラットフォームである必要があります。
プログラムディレクトリのサブディレクトリへの書き込みアクセスを許可することは、一般的に眉をひそめます。私がWindowsアプリケーションとしてそれを行っていた場合、それらをアプリケーションデータに入れるかもしれませんが、それはクロスプラットフォームではありません。それらを置くのに最適な場所はどこですか？
通常、ユーザーのホーム ディレクトリにディレクトリ (ピリオド "." で始まる名前) を作成し (System.getProperty("user.home")間違いでなければ)、それをアプリケーション固有のストレージとして使用します。または、アプリケーションのインストール時にユーザーからディレクトリ名を取得することもできます。
これらのファイルを保持するために使用するディレクトリを用意します。その情報をプロパティ構成ファイルに入れます。起動時に、アプリケーションのインストール ディレクトリから構成ファイルをロードします。そのプロパティ ファイルから、ファイル ディレクトリの場所がわかります。インストーラーが実行されると、インストール先のプラットフォーム用にこの構成ファイルを書き出すことができます。これは OS 固有の場合があります。
構成可能な場所を提供しますが、デフォルトはユーザーのホーム ディレクトリまたは OS 固有の場所にあります。
何があっても、プラットフォーム固有の方法でこれに対処する必要があります。ただし、OS X ではいくつかのオプションがあります。UNIX ライクなシステムの場合は、ホーム ディレクトリか、おそらく/var.
とはいえ、プログラムが独自のディレクトリで独自のデータを管理することは悪いことだとは思いません。組み込みデータベースなどを備えたプログラムを検討してください。アプリのホーム ディレクトリを使用する方がはるかに信頼性が高くなります。