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以下のような S4 クラスのオブジェクトがあります。

> gadem
   Object of class 'gadem' 
   This object has the following slots: 
   motifs,pwm,consensus,align,name,seq,chr,start,end,strand,seqID,pos,pval,fastaHeader

>ガデム[[1]]
クラス「モチーフ」のオブジェクト
スロット "pwm":
       1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
A 0.3404 0 0.0000 0.6375 0.2723 0.3173 0 0.0002 0.3126 0 0.4969
C 0.4281 0 0.8708 0.1474 0.0767 0.1122 0 0.0000 0.0981 1 0.2558
G 0.1414 0 0.0000 0.0361 0.4153 0.5088 0 0.1134 0.0532 0 0.0000
T 0.0901 1 0.1292 0.1790 0.2357 0.0617 1 0.8864 0.5361 0 0.2473

スロット「コンセンサス」:
[1]「mTCAnrTTwCm」

スロット「alignList」:
[[1]]
クラス「align」のオブジェクト
スロット "seq":
[1]「CTCAGGTTTCA」

スロット "chr":
[1]「chr12」

スロット「開始」:
[1] 29470324

スロット「終了」:
[1] 29470423

スロット「ストランド」:
[1]「＋」

スロット「seqID」:
[1] 5239

スロット「位置」:
[1] 67

スロット "pval":
[1] 1.862121e-09

スロット "fastaHeader":
[1] 5239


    [[2]]
クラス「align」のオブジェクト
スロット "seq":
[1]「CTCAGGTTTCA」

スロット "chr":
[1]「chr18」

スロット「開始」:
[1] 4862453

スロット「終了」:
[1] 4862571

スロット「ストランド」:
[1]「＋」

スロット「seqID」:
[1] 12645

スロット「位置」:
[1] 68

スロット "pval":
[1] 1.862121e-09

スロット "fastaHeader":
[1] 12645

このオブジェクトから、Slot Seq | の列を含むファイルを生成したいと思います。スロット chr | スロット開始 | スロットエンド | スロットストランド | スロット seqID | スロット位置 | スロット pval | スロット fastaHeader。

上記の S4 オブジェクトからこのような .txt ファイルを生成して書き込むにはどうすればよいですか?

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これらのスロットを持つgadem-objectのアイテムは、alignListスロットにあります。rGADEM パッケージに記述されているエクストラクタ関数はそれほど多くないように思われるため、@Martin Morgans のコメントは正しいですが、ここでは完全には役に立ちません。からはあまり助けてもらえませんでしたshowMethods( classes="gadem")。'gadem' の alignList スロットに最初の align-class オブジェクトを表示する場合は、次のように入力します。

gadem[[1]]@alignList[[1]]

そのようなオブジェクトの数は次のように取得できます:

length(gadem[[1]]@alignList)

それらをバイナリ R ファイルに保存してload、後で編集できるようにする場合は、次のようなものを使用します。

algns <- gadem[[1]]@alignList
save(algns, file="testgadem.rdta")

記事「DNA 配列モチーフの発見と分析: rGADEM パッケージ」の例を使用します。Arnaud Droit と Raphael Gottardo によって、次のループで alignList アイテムを通常のデータフレームに抽出することが可能になります。

dfrm <- data.frame( Seq=rep(NA, 54), chr=NA, start =NA, end =NA, strand=NA, 
                    seqID=NA, pos=NA, pval =NA, fastaHeader=NA)  

for (i in 1:54) {  dfrm[i, "Seq"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@seq
               dfrm[i, "chr"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@chr
              dfrm[i, "start"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@start
              dfrm[i, "end"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@end
              dfrm[i, "start"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@start
              dfrm[i, "strand"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@strand
              dfrm[i, "seqID"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@seqID
              dfrm[i, "pos"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@pos
              dfrm[i, "pval"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@pval
              dfrm[i, "fastaHeader"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@fastaHeader}
 str(dfrm)
#--------------------
'data.frame':   54 obs. of  9 variables:
 $ Seq        : chr  "CTGTGTCAACAG" "CTGTGTAAACAC" "CTGAGTCAACAC" "GTGAGTCAACAG" ...
 $ chr        : chr  "chr1" "chr1" "chr1" "chr1" ...
 $ start      : int  202320096 21451068 22547577 117197889 188010599 36725231 144254018 35024860 35024860 43552181 ...
 $ end        : int  202320297 21451269 22547778 117198090 188010800 36725432 144254219 35025061 35025061 43552382 ...
 $ strand     : chr  "+" "-" "-" "-" ...
 $ seqID      : int  23 26 9 8 45 15 30 50 50 38 ...
 $ pos        : int  93 98 121 82 183 160 142 21 117 104 ...
 $ pval       : num  2.48e-07 4.44e-07 5.68e-07 6.85e-07 1.31e-06 ...
 $ fastaHeader: int  23 26 9 8 45 15 30 50 50 38 ...
于 2011-11-13T04:11:17.317 に答える